Можно было бы утверждать, что казаки, терроризируя никониан и разоряя их церкви, уже начали проводить в жизнь эту религиозную реформу, если бы не ряд немаловажных обстоятельств. Прежде всего, отнюдь не все современники пугачевщины видели в бунтовщиках кощунников и разорителей храмов. Так, илецкие священники Андрей и Степан Ивановы в доношении, поданном в 1774 году в Оренбургское духовное правление, писали, что Пугачев и его казаки, находясь в местной церкви Николая Чудотворца в сентябре 1773 года, «святым иконам поругания и во оной грабительства никакого не причинили». Эти попы служили торжественный молебен «Петру Федоровичу», и их можно было бы заподозрить в выгораживании бунтовщиков, но, насколько нам известно, никто из очевидцев пребывания Пугачева с войском в Илецком городке не упоминает о святотатстве и разграблении местной церкви. А вот свидетельство врага бунтовщиков Павла Степановича Рунича (во время восстания он был премьер-майором), в августе 1774 года шедшего буквально по их следам: «От города Курмыша Пугачев с войском своим потянулся к Алатырю, от онаго на Саранск, Пензу, Петровск, Саратов, Камышен-ку, станицу Дубовку и Царицын, оставляя за собою по всему сему краю, где протекал с 50 000 сволочи, грабеж, разорения, ужас и смерть, и всё то, что только имело название дворянина и чиновника, было убиваемо. Но, впрочем, ничто не касалось рукою убийства, грабежа и разорения до монастырей, храмов Божиих, священно- и церковнослужителей, но все онаго места и лица остались невредимы, даже в колониях кирхи и костелы католицкие». Пугачевский атаман И. Грязнов в одном из своих посланий также опровергал обвинения в разорении повстанцами церквей[441].
Отчасти наблюдения Рунича подтверждаются другими источниками. Например, из свидетельств представителей саратовского духовенства следует, что восставшие убили одного священника, но в то же время там нет и намека на разорение Церквей или надругательство над иконами. Да и убийство священника едва ли было вызвано ненавистью к духовенству; более того, есть основания полагать, что бунтовщики хорошо относились к священнослужителям. Из доношения саратовских протопопов Онисима Герасимова и Алексея Иродионова астраханскому и ставропольскому епископу Мефодию от 21 августа — 21 сентября 1774 года известно, что «села Никольскаго (Кологреевка тож) поп Прокофий Иванов, войдя в злодейския лагери, ходил по ним с крестом, требуя, по неимуществу якобы своему, подаянья». Батюшка не ушел от бунтовщиков с пустыми руками, получив в дар «в Саратове из лавок граб-ленное, множество лоскутков и разнаго товара, а также один церковный воздух[442]»; причем он был никонианским священником — в противном случае протопопы обязательно подчеркнули бы его приверженность к расколу[443].
В отличие от Саратова в некоторых других городах и селениях Среднего Поволжья летом 1774 года бунтовщики не столь почтительно относились к православному духовенству: священно- и церковнослужителей убивали, а церкви грабили и совершали в них различные святотатства. Зачастую инициаторами расправ над духовенством были представители нерусских народностей, недовольные насильственной христианизацией и прочими притеснениями со стороны православных священников. Однако они не всегда истребляли духовенство своими руками, а частенько отдавали на расправу представителям самозванца. Более того, противники бунтовщиков также обвиняли в святотатстве и убийствах священников не только «инородцев», но и самого Пугачева и его главное войско. Остается неизвестным, кто совершал святотатства во время захвата Казани — участвовали ли в них только иноверцы или же руку приложили и православные бунтовщики. Пугачевец Д. Верхоланцев утверждал, что шапка самозванца была «зделана из покровов церковных», однако это утверждение требует проверки[444].
Чтобы разрешить многочисленные противоречия, связанные с отношением пугачевцев к различным церковным и религиозным вопросам, потребуется специальное исследование[445], однако можно выдвинуть на этот счет некоторые предположения и сделать отдельные выводы. Пожалуй, главный вывод состоит в том, что Пугачев и казаки-староверы не проводили террора (во всяком случае, широкомасштабного) по отношению к никонианам. Историкам известен лишь один приведенный подпрапорщиком Аверкиевым случай, когда казаки заставляли никониан креститься двумя перстами. По мнению советского историка И. 3. Кадсона, имеются лишь отдельные факты принуждения духовенства к ведению службы по-раскольничьи. Оспаривал Кадсон и утверждение Н. Ф. Дубровина, будто бы яицкие казаки внушали населению, что «Петр Федорович» приказал ломать никонианские церкви, а вместо них ставить «семиглавые». Однако заявление Дубровина было основано не на пустом месте. До противников восстания и вправду доходили слухи о намерении пугачевцев ломать никонианские церкви и ставить вместо них старообрядческие, причем вроде бы их распространяли люди, побывавшие в пугачевском стане[446].