Вскоре Мануил был арестован и на следствии рассказал всё, что было открыто ему на духу отцом Сергием. Горько переживая случившееся, батюшка обратился за советом к прозорливой старице Ксении Рыбинской, которую навещали многие катакомбные архиереи, священники и миряне. «Что делать священнику, которого предал епископ?» – этот вопрос он попросил передать матушке её келейницу. Та усомнилась, но, придя к старице, услышала: «Кому ты отказала? Он священномученик!»
Пророчество блаженной Ксении сбылось в 1941 году. Отец Сергий, не пожелавший скрыться в Средней Азии и покинуть духовных чад, некоторое время скитался по городам и весям, недолго жил в Рыбинске, но, став инвалидом и потеряв работу, перебрался в деревню под Тутаевым. С лета Сорок первого он с некоторыми духовными чадами скрытно проживал там, освятив катакомбный храм и каждый день тайно служа литургию. Непонятная жизнь приезжего вызывала подозрение и недоброжелательность со стороны местных жителей. С началом же войны, когда шпиономания приобрела характер острого психоза, они выдали отца Сергия и сопровождавшую его Елизавету Булгакову НКВД, как немецких шпионов. Через четыре месяца допросов и пыток Христов мученик был расстрелян, как «руководитель антисоветской организации ИПЦ».
Война многое изменила в видимой политике советского государства. Вспомнился патриотизм и герои прошлого, чернимые без малого четверть века, ко двору пришлась и Церковь. К Сорок первому году легализованная организация, ставшая лишней после разгрома ИПЦ, была почти уничтожена. Епископы были или расстреляны или отправлены в лагеря. Не пожалели даже ушедшего на покой Серафима Чичагова, некогда посланного Страгородским на место митрополита Иосифа в Ленинград. Больного старика увезли из дома на «скорой» и расстреляли на Бутовском полигоне.
Война организацию спасла. Открытие церквей немцами на оккупированных территориях, возрождение там духовной жизни потребовало срочного ответа, и Сталин нашёл его. В каком-то смысле ответ этот ещё раньше нашёл митрополит Сергий, первым выступивший с обращением в связи с началом войны, опередив самого Вождя. В нём он объявил «прямой изменой пастырскому долгу» даже сами размышления духовенства о «возможных выгодах по другую сторону фронта». Вскоре Страгородский выпустил Послание, в котором осуждались православные иерархи и священнослужители, установившие на оккупированных территориях контакты с местной немецкой администрацией. Фактически под отлучение митрополита Сергия подпадали все иерархи и духовенство, в том числе и подчинённые его Синоду, оказавшиеся на оккупированных немцами территориях. В последующих воззваниях звучали призывы к «священной войне за христианскую цивилизацию, за свободу совести и веру»…
В начале осени 1943 года из эвакуации в Москву были доставлены митрополиты Сергий (Страгородский), Алексий (Симанский) и Николай (Ярушевич). В ходе встречи приняли решение о срочном созыве собора. Было решено, что Страгородский из политических соображений будет провозглашен «патриархом всея Руси», а не «всей России», а сама Церковь будет называться «русской», а не «российской», как это было при патриархе Тихоне. Тогда же было решено создать специальный орган по контролю над Церковью – Совет по делам Русской православной церкви под руководством генерал-майора НКВД Карпова.
Через четыре дня воровской собор был созван. Участие в нем приняло всего девятнадцать архиереев, шесть из которых – бывшие обновленцы, в спешном порядке рукоположенные незадолго до мероприятия, а также несколько лояльных епископов, специально освобожденных из заключения и доставленных в Москву. Несмотря на всю антиканоничность данного мероприятия, митрополит Сергий, ставший единственным кандидатом, был объявлен патриархом. «Я думаю, что этот вопрос бесконечно облегчается для нас тем, что у нас имеется уже носитель патриарших полномочий, поэтому я полагаю, что избрание со всеми подробностями, которые обычно сопровождают его, для нас является как будто ненужным», – заявил «выдвинувший» кандидатуру Сергия Симанский. На ироничный вопрос самого Сергия: «нет ли у кого-либо иного мнения», члены «собора» ответили: «нет, единодушно».