В 1999 г. группой сотрудников ФСБ бы издана книга «Лубянка 2. Из истории отечественной контрразведки», в которой рассказывается и о разоблачении Полякова. В ней повествуется, что задолго до его ареста военные контрразведчики докладывали руководству КГБ о необходимости углубленной проверки «Дипломата». Однако один из бывших заместителей председателя КГБ, от которого зависела санкция, ответил: «Генерал-разведчик не может быть предателем». Впоследствии военный контрразведчик А. Терещенко в своих воспоминаниях[59] назвал этого заместителя председателя КГБ СССР. Это был, по его утверждению, Г.К. Цинев.
Это утверждение в отношении Цинева вызывает сомнения, что такой опытный, необыкновенно осторожный и щепетильный человек мог так заявить начальнику 1-го отдела 3-го управления. Тем более что санкция на углубленную проверку «Дипломата» у военных контрразведчиков была. Как уже писалось выше, углубленная проверка «Дипломата» ими в соответствии с утвержденным руководством КГБ планом проводилась в 1980 г., и они делали все, что было в таких случаях необходимо. Другое дело, что военной контрразведкой к этому времени не было собрано никаких доказательств его связи с американцами. И, конечно, грубейшая ошибка в ОТУ КГБ СССР, связанная с анализом таблеток тайнописи, помогла «Дипломату» оставаться на свободе еще почти целых 6 лет.
К тому же, как было на практике рассмотрения дел оперативного учета, окончательное решение по важным шпионским делам, а ДОР на «Дипломата» являлось, без сомнения, таковым, принимал сам председатель КГБ СССР. Ему представлялась докладная записка с предложениями по делу и визами как начальника Управления КГБ, в производстве которого находилось также дело, так и куратора из числа заместителей председателя КГБ, а также других лиц, имевших отношение к проверке или разработке.
Затем вялотекущая проверка «Дипломата» продолжалась до октября 1985 г., то есть до того момента, когда резидентурой ПГУ КГБ в Вашингтоне от начальника отдела ЦРУ Олдрича Эймса, пошедшего на контакт с КГБ в апреле 1985 г., были получены данные на ряд сотрудников КГБ и ГРУ, работавших на американцев. И среди названных таких изменников Родине Эймс указал и на Полякова. Теперь фантастической удаче и необыкновенно длительной карьере этого американского шпиона подходил конец.
После ряда проведенных сотрудниками 3-го Главного управления КГБ оперативно-технических и агентурных мероприятий дело оперативной проверки на «Дипломата» переводится в ДОР с окраской «измена Родине в форме шпионажа». Все получаемые оперативной группой на «Дипломата» материалы оперативно докладывались председателю КГБ СССР В.М. Чебрикову. С января 1986 г. с его санкции сотрудниками 3-го ГУ совместно со Следственным отделом КГБ исследуется возможность реализации ДОР путем возбуждения уголовного дела и проведения оперативно-следственных действий, направленных на разоблачение Полякова как агента спецслужб США.
6 июля 1986 г. ему исполнилось 65 лет. Свой юбилей он отмечал дома, в квартире на улице Калинина, д. 37/12, доставшейся его жене, Н.П. Киселевой, от ее родителей. Собралось довольно много родственников и бывших сослуживцев, выступавших с приятными для его слуха речами, отмечавшими его заслуги перед Родиной, партией и родным разведывательным сообществом. Было много телефонных звонков с поздравлениями. Позвонил ему и его бывший заместитель по факультету Военно-дипломатической академии, который тепло поздравил с юбилейной датой и пригласил его на следующий день посетить академию. По его словам, они собирают ветеранов, имеющих склонность к научно-исследовательской работе, чтобы использовать их опыт и знания в написании учебных пособий для слушателей академии. Поляков согласился прибыть в бюро пропусков академии к 10 часам 30 мин. Впоследствии, уже на судебном заседании Военной коллегии Верховного суда СССР, он 24 ноября 1987 г. скажет: «Когда мой бывший заместитель вызвал меня в академию, я уже знал, что иду на арест».
И на этот раз интуиция старого американского шпиона не подвела. В здании академии, что на улице Народного ополчения, его действительно ждали сотрудники группы «Альфа» 7-го управления КГБ СССР во главе с полковником Г.Н. Зайцевым, которому со своими товарищами пришлось уже неоднократно участвовать в арестах шпионов. А руководил операцией по захвату этого прожженного агента ЦРУ начальник 1-го отдела 3-го Главного управления КГБ генерал-майор А.А. Моляков.
Помня случай, происшедший в июне 1977 г. при аресте американского шпиона А.Д. Огородника, чекисты быстро переодели Полякова в бюро пропусков в спортивный костюм. Тогда оперативники позволили Огороднику остаться в своем костюме, в котором находилась авторучка. Воспользовавшись моментом, он надкусил колпачок авторучки, в котором находился сильнодействующий яд, и шпион умер моментально. С тех пор захваченных шпионов сразу переодевали, как правило, в спортивные костюмы.