Вместе с шпионским снаряжением «коллега» Кейна вручил Филатову советские деньги в сумме 40 тысяч рублей и 24 золотые монеты царской чеканки, достоинством 5 руб. каждая. Все это по приезде в СССР было спрятано им в тайниках его квартиры. Ранее Филатов получил от американцев вознаграждение за шпионскую работу 10 тысяч алжирских динаров. Перед самым отъездом в СССР американцы выдали ему еще 5000 руб. Тогда же «коллега» Кейна сообщил Филатову, что на его имя в одном из иностранных банков ежемесячно будет зачисляться 800 долларов США.
По прибытии в августе 1973 г. в СССР Филатову был предоставлен отпуск, после чего приказом по ГРУ он был переведен в резерв ГРУ. 29 декабря 1973 г. приказом начальника ГРУ он назначен младшим научным сотрудником центрального НИИ исследования и прогнозирования военного потенциала зарубежных стран, где вскоре был переведен на должность научного сотрудника. Нужно отметить, что Филатов являлся активным коммунистом, до дня ареста был секретарем партийного бюро отдела.
Одновременно с этим Филатов в СССР продолжил свою связь с американской разведкой. Выполняя задание ЦРУ, в декабре 1976 г. – январе 1977 г. с помощью ранее полученного от американцев специального электронного прибора и имевшегося у него транзисторного радиоприемника начал осуществлять прием вначале учебных, а затем боевых радиограмм односторонней радиосвязи Франкфуртского радиоцентра американской разведки. За это время получил 11 радиограмм.
В феврале, марте, июне 1977 г. изготовил к отправил американской разведке три шифрованных тайнописных агентурных сообщения.
Первое тайнописное сообщение было подготовлено им в ночь с 29 на 30 января 1977 г. во время ночного дежурства и отправлено 7 февраля 1977 г. по почтовому каналу с помощью письма-прикрытия с подстройкой под иностранного туриста. В нем Филатов, уведомив американцев об успешном приеме кодированных радиограмм, сообщил, что его назначили на работу во вновь созданный НИИ ГРУ, который будет заниматься изучением военного потенциала зарубежных стран, изложил сведения о структуре НИИ и запланированном количестве его сотрудников, о контингенте лиц, из которых комплектуется управление этого НИИ, перечислил воинские звания и фамилии руководства института, выписав эти сведения из имевшейся в распоряжении дежурного схемы оповещения командного состава войсковой части. В этом же донесении обещал сообщать американцам данные об офицерах ГРУ.
В начале марта 1977 г. после расшифровки очередной радиограммы подготовил текст второго донесения ЦРУ США, сообщив в нем, что институт, в котором он работает, находится в стадии комплектования и никаких исследовательских работ пока не ведет, поставил в известность американцев об отсутствии у него в тот момент доступа к конкретной секретной информации, что будет обладать ею к концу года, в связи с чем просил отнестись с пониманием к его служебному положению.
В июне 1977 г. Филатовым было отправлено в разведцентр третье тайнописное сообщение. В нем он проинформировал разведку США о безуспешной попытке обнаружить и изъять описанную по радио шпионскую закладку в условленном месте «Река», сообщал о плохой слышимости передаваемых ему радиограмм, предложил по собственной инициативе использовать запасной канал связи, предусматривавший личную встречу Филатова в Москве с представителем ЦРУ США.
К маю 1978 г. следствие по делу Филатова было закончено. 10 мая 1978 г. начальником группы Следотдела КГБ Э.А. Харитоновым было составлено обвинительное заключение по его уголовному делу. 17 мая 1978 г. это заключение утвердил заместитель Главного военного прокурора.
10—14 июля 1978 г. Военная коллегия Верховного суда СССР в закрытом судебном заседании в Москве в составе председательствовавшего – члена Верховного суда СССР полковника М.А. Марева рассмотрела уголовное дело по обвинению Филатова.
Здесь следует отметить, что как в ходе следствия, так и судебного разбирательства Филатов во всем чистосердечно признался и раскаялся в совершенном им преступлении.
14 июня 1978 г. Военная коллегия Верховного суда СССР за измену Родине в форме шпионажа в пользу США по п. «а» ст. 64 УК РСФСР приговорила Филатова А.Н. – к исключительной мере наказания расстрелу.
Помилован. А в это самое описываемое нами время на другом континенте, в Соединенных Штатах Америки, ФБР были арестованы сотрудники нью-йоркской резидентуры КГБ СССР Черняев и Энгер. Так называемая «Вудбриджская двойка» была задержана американскими спецорганами на провокационной подставе.
Осуществленная американскими спецслужбами провокация в отношении советских граждан – сотрудников Секретариата ООН послужила основой для развертывания, при поддержке администрации США, разнузданной кампании шпиономании, в которую были вовлечены американские радио, телевидение и печатные средства массовой информации. В них широко муссировались и распространялись по этому поводу различные домыслы и кривотолки.