Из государевой грамоты Соловецкому Спасо-Преображенскому монастырю: «Повеле у них в пустынном месте окиянском от отца соловецкия обители начальником своим, монастырскими плотники воздвигнута церковь во имя Живоначальной Троицы и к ней придел преподобного Михаила Малеинского своего государева тезоименитого ангела. И по их царскому и святительскому указу церковь поставить по размеру тех местных и деисусных икон».
Через год в скиту был возведен и освящен храм, по которому скит и получил название Троицкого Анзерского.
Традиция особого почитания Святой Троицы в Русской Церкви восходит к возвышенному сердечному горению преподобных Сергия Радонежского, Стефана Махрищского, Григория и Кассиана Авнежских. Не будучи искушенными богословами и книжниками, святые старцы второй половины XIV столетия удивительным образом прозрели и постигли, пожалуй, самый непостижимый и таинственный догмат, сделав его предметом постоянной молитвы и богомыслия.
«Никто не может ясно и полно постичь умом и выразить словом догмат о Пресвятой Троице, сколько ни читай Божественное Писание. Истинно верующий и не берется за это, но, приемля с верою написанное, в том одном пребывает, ничего более не исследуя, и, кроме написанного и того, чему научен, совершенно ничего другого не может он сказать пытливым и самонадеянно дерзающим исследовать Божественное Писание» (преподобный Симеон Новый Богослов).
Именно непостижимость умом, но стяжание Духа Святого сердцем, всем естеством становится основополагающей максимой иноческой практики Северной Фиваиды.
Преподобный Елеазар словно как бы отматывает время назад и с высоты XVII столетия вновь припадает к мистическому опыту подвижников «Сергиевской плеяды». Будучи автором «Грамоты о видениях и откровениях», иконописцем, резчиком и переплетчиком, анзерский скитоначальник много времени уделяет внутренней умной молитве, которую он совершает всегда, особенно во время «усиленных трудов» физических, когда ум освобождается от мудрования и соблазнов и не остается ни сил, ни времени на «самонадеянное дерзание».
В 1633 году Анзерский Троицкий скит был отписан от Соловецкого монастыря и обрел самостоятельность. Скорее всего, таким образом была отмечена заслуга Елеазара, предсказавшего царю Михаилу Федоровичу рождение наследника. Для этой надобности преподобный в 1628 году был специально вызван в Москву, где в Чудовом монастыре молился о даровании государю наследника мужского пола.
В 1638 году государь передает Троицкому скиту 900 рублей денег на строительство каменной церкви, «а уставщиком каменщиком от него великого государя в Анзерский скит послан с Москвы Трефил Шарутин», незадолго до того строивший Теремный дворец в Кремле. Однако лишь в 1647 году в значительно удешевленном варианте стройка была начата. По понятным финансовым причинам от услуг Трефила Шарутина пришлось отказаться, призвав соловецких каменщиков, которые и возвели каменную Троицкую церковь к 1650 году.
Вспоминая непримиримую решительность преподобного Нила Сорского к принятию разного рода богатств и даров от власть имущих, нельзя не согласиться с тем, что на Соловецком острове, который воспринимался Москвой в первую очередь как военно-стратегический форпост на северных рубежах царства, а впоследствии Российской империи, противостояние «иосифлян» и «нестяжателей», вернее сказать, их потомков, складывалось не в пользу вторых.
Таким образом, преподобный Елеазар становится активным сподвижником соловецкого игумена Ири-нарха, проявляя в устройстве Анзерского скита незаурядный талант администратора и организатора стройки. Согласно монастырским описям конца XVII века, к зданию Троицкой церкви были пристроены трапезная и притвор, а венчали ее три главы, обитые лемехом. На некотором отдалении от храма высилась шестигранная деревянная колокольня с шатром, завершавшаяся не крестом, а «прапорцем» (флажком-флюгером), чтобы «знать ветров дыхание». Деревянные кельи по периметру окружали храм, а в стороне от основных построек скита располагались хлебный амбар «на осьми столбовых ногах» с сушилом наверху и амбар для ржаной муки. На берегу Троицкой губы были устроены валунная пристань и якорный амбар, рядом с которыми были сложены для просушки бревна, приготовленные для строительства келий, и тесницы (тесаные доски) для монастырских карбасов.
Из книги С. В. Максимова «Год на Севере» (1890):