Духовенство московское, современное Борису, обычно считается дружественным ему, а патриарх Иов, обязанный Борису самим патриаршим саном, изображается преданнейшим ему «приятелем». Действительно, в своих литературных произведениях Иов всегда панигирически отзывался о Борисе и сам себя представлял его поклонником и сторонником. В дни царского избрания в 1598 году Иов с московским «Освященным собором» (то есть с патриаршим духовным советом и свитою) занимал руководящее положение. Он первый назвал в цари Бориса и водил за собою в Новодевичий монастырь к Борису все духовенство в челе земского собора и народной массы просить Бориса на царство. Иов потерял патриаршество одновременно с низложением Годуновых и, таким образом, разделил судьбу той династии, которую сам избрал и венчал на московский престол. И в прочем духовенстве, после неудачной интриги митрополита Дионисия и князей Шуйских, не видно никаких движений против Бориса. Регент и монарх, Борис умел ладить со служителями церкви. По-видимому, с успокоением государства он нашел возможность восстановить «тарханы» (льготы) церковных землевладельцев, временно отмененные соборами 1580 и 1584 годов «покаместа земля поустроится». Это была исключительно милостивая мера, возвратившая монастырям и кафедрам особо льготное податное положение, утраченное ими в дни государственных невзгод, и Борис имел поэтому основание хвалиться тем, что он «все сохи в тарханех учинил». Но эта милость Бориса вовсе не значила того, что государство во всем уступало имущественным интересам духовенства. В крестьянском деле указы Бориса возбраняли «крестьян возити» за патриарха, митрополитов и прочих владык, а также и за монастыри – наравне с боярами и «большими» дворянами. Крестьянский отказ и «вывозка» допускались лишь среди мелких «приказных людей» патриарха и владык, как и среди соответствующих мелкопоместных светских владельцев. Церковные земли, стало быть, были поставлены в одно положение с прочими безо всяких льготных исключений. Затем правительство Бориса предприняло ряд мер к тому, чтобы произвести ревизию вотчинных прав монастырей и устранить возможные злоупотребления ими. В 1590 году последовал любопытный указ о том, чтобы монастыри не передавали «за вклады» своих земель в частное обладание и пользование; лица, державшие за собою монастырские земли, должны были возвратить их монастырю, а монастырь возвращал им их вклады, если бы вкладчики пожелали взять свои деньги обратно. Этою мерою пресекалась возможность не только отдачи монастырских земель в пожизненное владение за денежный вклад, но и передача земли от служилого человека монастырю с правом пожизненного пользования ею. Последняя операция была удобным средством для землевладельцев вывести землю из службы, не потеряв владения ею на деле, и вследствие этого стать «детьми боярскими неслужилыми». В борьбе за принцип, чтобы земля из службы не выходила, правительство пошло в 1593–1594 годах на общий пересмотр монастырского землевладения и произвело проверку прав даже у виднейших монастырей (Троице-Сергиева, Спасо-Ефимьева) надвое их земли; при этом многие монастырские вотчины были отбираемы «на государя», если монастырь не оправдывал документами своего на них права. Таким образом, в столкновениях интересов государства и церковных собственников Борис оставался хранителем первых и, как во многом другом, был верным слугою государства.
Очерк сословной политики Бориса приводит именно к такому выводу, что Борис не служил никакому частному или классовому интересу. Со старою княжескою знатью у него не могло быть приязни; напротив, вся история личного возвышения Бориса показывает взаимное недружелюбие Бориса и княжат. Вожделения и нужды трудовой массы, уходившей от крепостного ярма, Борис приносил в жертву государственным пользам, которые в данном случае он объединял с хозяйственными нуждами служилого класса. Заботясь о поддержании хозяйств на служилых землях, он оказывал поддержку рядовым мелкопоместным «дворянам и детям боярским». Но в то же время с этих рядовых «помещиков великого государя» и вотчинников – служилых людей он требовал службы в полной мере и затем, чтобы земля из службы не выходила, следил с такою же строгостью, с какою всегда следила за этим московская власть. Нельзя назвать ни одной общественной группы, которой Борис создал бы особо льготное положение и которой бы он особенно покровительствовал. Время было настолько смутно и трудно, кризис переживался с таким общественным напряжением, что правительство лишено было возможности создать кому бы то ни было льготную обстановку. Оно не могло угодить всем и всех удовлетворить при том условии, что стихийный антагонизм землевладельческих слоев и рабочей массы не мог быть уничтожен одною правительственною мудростью и ловкостью. Однако ловкость и проницательность Бориса чутко подсказывали ему, что необходимо было предпринять в видах возможного успокоения страны.