В пределах самой Москвы, кроме «белокаменных» стен «Царева города» и деревянной стены внешнего города «скородума», Борис создал много зданий и церквей. По хвалебному слову патриарха Иова, Борис «самый царствующий богоспасаемый град Москву, яко некую невесту, преизрядною лепотою украси: многие убо в нем прекрасные церкви каменные созда и великие палаты устрой, яко и зрение их великому удивлению достойно;…и палаты купеческие созда во упокоение и снабдение торжником». Прежде всего, Борису принадлежит построение знаменитой колокольни «Ивана Великого» в Кремле. В Кремле же Борис поставил обширное здание для приказов у Архангельского собора и большие каменные палаты «на взрубе» («запасный двор»). В Китай-го-роде после пожара торговых рядов Борис выстроил новые каменные ряды – «палаты купеческие» и, кроме того, через реку Неглинную построил «большой мост» со многими лавками («камарами»). В разных частях Москвы Борисом были вновь поставлены каменные церкви и хорошо украшены; многие старые были обновлены; а кроме того, Борис задумал постройку в Москве нового собора. Об этом новом храме современники говорят, как об исключительном сооружении. Он должен был затмить и заменить первенствовавший в Москве Успенский собор, «древнего здания святителя Петра храм Успения Божия Матре». Для нового собора собраны были «орудия» и материалы «много множество». Но постройка не состоялась, а материал для нее впоследствии царем Василием Шуйским был распродан и пошел на другие постройки, даже «на простые хоромы». Столь же печальную участь имело и другое предприятие Бориса: он соорудил какую-то особую плащаницу или, по точному выражению Ивана Тимофеева, «Христа Бога гроб, божественные Его плоти вместилище», по образцу Иерусалимского «мерою и подобием». По-видимому, это было подражание Иерусалимской кувуклии в храме святого Гроба Господня с изображениями Христа и Богоматери, архангелов, апостолов, Иосифа Аримафейского и Никодима. «Подобия», или «чеканные образы», блистали золотом, бисером и самоцветами так, что, смотря на них, едва можно было «устояти» на месте. По смерти Бориса это сооружение почему-то вызвало глумление черни, погромившей семью Годуновых: «…то вражию ненавистью раздробиша и, на копья и на рогатины встыкая, по граду и по торжищу носяху позорующе, забыв страх Божий» (так официально писалось в феврале 1607 года). При такой страсти Бориса к постройкам и сооружениям, естественно, что он прибегал к этому средству занять народ и дать ему заработок при всяком подходящем случае. Так, в голодные годы (1601 и следующие) кроме подаяния деньгами и хлебом население получало от правительства работу на постройках. Один из иностранцев (Т. Смит) отмечает, что именно ввиду всеобщей голодовки Борис предпринял, например, дополнительное укрепление внешней стены города Москвы: «…приказал построить галереи («облами») вокруг самой крайней стены великого города Москвы».