Сэр Чарлз Хеджес, верховный судья Адмиралтейства, допросил капитана Кидда «относительно некоторых пиратских действий, в которых он обвинялся». Кидд стойко стоял на своем, доказывая свою невиновность. После окончания допроса судья Хеджес передал текст показаний под присягой капитану на подпись и удалился. Члены министерства перевели разговор с Киддом в более деликатную плоскость. Их интересовали деловые партнеры капитана, именовавшиеся не иначе как «корпорация пиратов». Кидд представил им краткий отчет о своих инвесторах и стоимости снаряжения экспедиции. Когда его спросили, с кем из членов хунты он обсуждал предстоящее морское предприятие, капитан ответил, что с Сомерсом не встречался ни разу, с Ромни встречался один раз, с Орфордом — много раз, а в офисе Шрусбери побывал лишь однажды. Там-то он и встретился с Белломонтом, предложившим ему принять участие в указанном предприятии; затем проект обсуждался с государственным секретарем Верноном.
Около одиннадцати часов ночи утомленные члены министерства пришли к выводу, что для первого раза услышали достаточно. Кидду прочитали запись его показаний и попросили подписать их. Очевидно, тогда же капитан Уинн передал чиновникам Адмиралтейства журнал Кидда, который с тех пор больше никто не видел.
Поскольку депутаты Палаты общин просили до открытия следующей сессии держать Кидда за решеткой, капитана решено было отправить в Ньюгейтскую тюрьму. Около полуночи арестант и конвоиры во главе с маршалом Чиком вернулись на адмиралтейскую баржу, которая доставила их на причал Блэк-Фрайерз-Стэрз. Оттуда Кидда отвели в пятиэтажное здание, расположенное на углу Ньюгейта и Холборн-стрит. Там маршал передал своего «клиента» надзирателю Феллсу. Последний препроводил нового заключенного в камеру. Она стала последним земным пристанищем капитана Кидда.
Узник должен был носить кандалы на руках и ногах, и ему запретили иметь связи с внешним миром — писать письма он мог только в Адмиралтейство. Столь строгие меры обычно принимались в отношении лиц, подозревавшихся в государственной измене. Но руководители морского ведомства решили, что изоляция Кидда пойдет лишь на пользу делу.
На следующий день Джеймс Вернон встретился с сэром Джорджем Руком и узнал, что именно Кидд говорил лордам Адмиралтейства. Пересказав содержание отчета обвиняемого, Рук высказал мнение, что полученная информация едва ли устроит тори — в ней не было прямых доказательств связи хунты с пиратами. Вернон тут же сообщил об этом герцогу Шрусбери.
Спустя три дня лорды Адмиралтейства пожелали осмотреть сундук Кидда, доставленный с борта «Эдвайса». Сверху лежали документы, по которым можно было проследить ход экспедиции (за исключением судового журнала и других «неудобных» бумаг, уничтоженных на Сент-Мари). Ниже покоились сумки с серебром и золотом. Когда сведения о найденных у Кидда ценностях достигли ушей директоров Старой Ост-Индской компании, они потребовали конфисковать их в пользу компании и собственников «Кедах мёрчента». Вернон просил лордов Адмиралтейства рассмотреть эту петицию как можно скорее, но получил отрицательный ответ: законные владельцы могли подать ее королю в течение года
Тем временем холод, сырость и антисанитария привели к тому, что болезнь Кидда обострилась, и он упросил Феллса передать призывы о помощи двум его дальним родственникам, Блэкберну и Саре Хокинс, проживавшим в Лондоне. Мистер Блэкборн торговал рыбой на Темз-стрит и приходился двоюродным дедом первому мужу Сары Кидд. Миссис Хокинс из Уоппинга тоже находилась в родстве с женой капитана. 7 мая 1700 года Блэкборн и Сара Хокинс появились у ворот Адмиралтейства. Торговец рыбой «пожелал, чтобы ему разрешили поговорить с капитаном Киддом». Миссис Хокинс испрашивала разрешения передать Кидду его «сундучок с одеждой и постельным бельем». Обоим было отказано в их просьбах.
13 мая в Адмиралтейство прибыл помощник надзирателя Ньюгейтской тюрьмы. Из его слов следовало, что у капитана Кидда «сильно болит голова, трясутся конечности, и он испытывает крайнюю нужду в одежде». Чиновники Адмиралтейства вынуждены были позаботиться об улучшении условий его содержания в неволе. Кидду передали одежду и постельные принадлежности, а также позволили видеться — в присутствии надзирателя или его помощника — с миссис Хокинс и мистером Блэкборном. Последние могли оказывать ему помощь деньгами и привести к нему врача. Однако едва кризис миновал и здоровье капитана пошло на поправку, посещения были снова запрещены.
21 июня в Лондоне судили группу из 24 пиратов, включая Джеймса Келли. Двадцать один обвиняемый был приговорен к смертной казни. Судья верховного суда Адмиралтейства сэр Чарлз Хеджес отправил в Хэмптон-Корт запрос по поводу амнистии тем из них, в деле которых имелись смягчающие вину обстоятельства, и король помиловал 11 приговоренных. Келли и девяти его несчастным товарищам в помиловании отказали. 12 июля все они были повешены в Доке казней в Уоппинге.