Палаты Золотых и Серебряных дел, а также особый Ствольный приказ слились с Оружейной палатой (указ 19 января 1700 г.). В феврале того же года Иноземский и Рейтарский приказы объединили в новое ведомство, возглавил его в звании «обер-комиссара» князь Я. Ф. Долгорукий; посему называли это ведомство в переписке «Приказом комиссарии», позднее Приказом военных дел. Тогда же закрыли Каменный приказ, вместо него возникло ведомство «генерал-провианта» окольничего С. И. Языкова (сбор со всего государства хлебных запасов, их распределение в войсках); с 1717 г. стали называть его Провиантским приказом. 19 мая Пушкарский приказ передали в ведение генерала артиллерии царевича имеретинского Александра Арчиловича. Во время пребывания за границей с Великим посольством он хорошо изучил в Гааге артиллерийское дело. С начала 1701 г. его ведомство стали называть Приказом артиллерии, иногда по-прежнему именовали и Пушкарским приказом.
24 августа 1700 г. создали новый Рудокопный приказ для организации работ по сыску руд - «золотых и серебряных и иных».
Как-то сами собой исчезли приказы Великороссийский (назначал воевод в великороссийские города), Владимирский, Костромская четверть.
Все эти административные изменения - прямой результат инициативы Петра. С одной стороны, он делал то же, что и его предшественники, пытался как-то централизовать, обобщить, упростить управление; с другой - царь вводил новые учреждения, прежде всего по военному управлению, и это попятно - начиналась Северная война за выход к Балтике. Общее количество приказов сократилось с 44 до 34.
Не обошел Петр своим вниманием и церковь. Как и его предшественники (Иван III в конце XV в., Иван Грозный в середине XVI в., его отец), он стремился ослабить ее влияние, пресечь претензии на верховенство по отношению к светской власти, подорвать ее экономические позиции, очень и очень крепкие. Царь и раньше высказывал свое отрицательное отношение к богатым бездельникам, каковыми он считал монахов российских. При жизни матери он еще сдерживался, но и тогда в ряде случаев не очень-то считался с иерархами. После кончины царицы Натальи поведение царя (привлечение иностранцев на службу, поездки за рубеж, курение табака, брадобритие, ношение иноземного платья) приобретало в глазах духовенство еще более предосудительный характер. Многие, особенно духовные чины, негодовали.
Военные походы требовали все новых и новых расходов. Поэтому Петр после взятия Азова устремил свой зоркий глаз на церковь - потребовал от нее отчеты о доходах и расходах, заставил строить на свои средства корабли, запретил возводить в монастырях новые корпуса, а тем из иерархов, кто имел поместья, повелел не платить жалованье.
В 1700 г. умер патриарх Адриан. Нового патриарха, которого ждали верующие, так и не назначили. Вместо него Петр ввел новую должность местоблюстителя патриаршего престола, который имел функции только духовного пастыря. Имуществом церкви стал ведать Монастырский приказ во главе с И. А. Мусиным-Пушкиным, лицом светским. Доходы от него шли в царскую казну (более 1 млн руб. за 1701 - 1710 гг.). По сути дела Петр провел частичную секуляризацию, продолжил попытки своих предшественников и предвосхитил полную секуляризацию, объявленную Екатериной II в 1764 г.
Разумеется, перемены в администрации не устраняли чересполосицы функций, ее громоздкости, однако Петр и его правительство сделали новый шаг вперед, продолжили и развили то, что делалось до них. Была заложена основа для более решительной перестройки системы государственного управления, центрального и местного, которую они провели позднее, в ходе Северной войны.
В финансовой области самой существенной мерой оказалась та же городская реформа. Именно в Ратушу теперь стекались основные налоговые поступления, а не в старый Приказ Большой казны: в 1701 г. приход первой составил 1,267 млн руб., второго - 717,7 тыс. руб. Той же цели - повышению доходов казны - способствовали две другие меры: введение сбора с гербовой бумаги (по мартовскому указу 1699 г.) и упорядочение взимания печатных пошлин, собиравшихся за удостоверение всех актов новой специальной «орловою воротного печатью» (печать с изображением орла; дьяк носил ее на шнурке, на вороте).
Появились «прибыльщики». Это были особые чиновники, в обязанность которых входило выдумывание новых налогов для пополнения топ же бездонной бочки.