В январе того же 1699 г. Петр обнародовал указ о городской реформе. Были созданы органы городского самоуправления - Ратуша в Москве и земские избы в других городах. Еще при царе Алексее Михайловиче его любимец А. Л. Ордин-Нащокин, канцлер, выдающийся дипломат, пытался, правда неудачно (из-за интриг вельмож), провести подобную реформу в Пскове, где одно время воеводствовал.
Петр и его помощники решительно ввели новые порядки, необычные для русского посадского сословия. Петровский указ снова, как и во времена «тишайшего» царя Алексея и Ордин-Нащокина, говорит о цели реформы - оградить купцов «от многих приказных волокит и разорений». Правда, власти, давая городам самоуправление и освобождая их от контроля воевод, потребовали от посадских людей внесения двойных налогов. Это была цена реформы. Но те не захотели ее платить, не согласились на условие, предложенное указом. Правительство отказалось от идеи предоставления самоуправления только тем городам, которые будут вносить налоги в двойном размере. Налоги оставили прежними, реформу же распространили на все города.
На Ратушу и земские избы возложили сбор таможенных пошлин и кабацких доходов. Это отныне должны были делать не воеводы, а выборные люди из купцов. Кроме того, правительство надеялось и на другую выгоду - оживление ремесла, промышленности и торговли.
Тогда же начались первые административные преобразования. Государственная машина, доставшаяся в наследство Петру, была громоздкой, неповоротливой, отсутствовало четкое разделение функций между учреждениями. Коренная ее перестройка была еще впереди, в то же время делались только первые, частичные опыты. Помимо городской реформы, которая ввела новые учреждения, Петр и его приближенные занялись и старыми.
Земские соборы - органы сословного представительства, деятельность которых носила законодательный характер, - давно ушли в прошлое. Высшим законодательным и судебным органом оставалась Боярская дума, Она состояла из высших, думных чинов - бояр, кравчих, окольничих, постельничих, думных дворян, стряпчих с ключом, думных дьяков. В начале 1690-х годов их было 182 человека, в конце века - 112. Старые бояре и прочие умирали, новые же назначения почти не производились. Боярская дума, таким образом, вымирала естественным путем. На 1 января 1702 г. в ней осталось 86 человек, за десятилетие Дума уменьшилась более чем вдвое. Но и из них на заседаниях присутствовали далеко не все, обычно человек 30 - 40, так как одних посылали с поручениями по стране, других попросту не приглашали. Самое же главное в том, что Боярская дума решала вопросы второстепенные, например о записи крестьян в купцы, взимании пошлин при заключении сделок и т. п. Важные дела рассматривал и решал сам царь. Оповещали о его решениях именные указы. Да и в самой Боярской думе появились новшества, дотоле небывалые, - князь Ф. Ю. Ромодановский, не являвшийся формально ее членом (имел чин стольника), по воле Петра председательствовал на заседаниях Думы.
Следующая ступень в управлении государственными делами - приказы, своего рода министерства XVII в. Приказная система была весьма сложной и громоздкой: на 1 сентября 1699 г. их насчитывалось более четырех десятков: Посольский приказ ведал иностранными делами; Разрядный - служебными назначениями, ополчением из дворян; Поместный - земельным обеспечением бояр и дворян; Стрелецкий - стрельцами; Рейтарский - рейтарами; Приказ Большого дворца - дворцовым хозяйством царской семьи и т. д. Беда состояла в отсутствии твердого разграничения функций между ведомствами. Например, Посольский приказ занимался не только внешнеполитическими проблемами (ведением переговоров, заключением дипломатических актов и пр.), но и ведал пограничными городами во всех отношениях, в том числе судебном, финансовом. Сбор налогов, прямых и косвенных, был в руках нескольких приказов. Наряду с приказами, которые имели всероссийское значение, существовали приказы, ведавшие только определенной территорией: Сибирский - Сибирью; Приказ Казанского двора - Поволжьем; Малороссийский - Левобережной Украиной, вошедшей в состав России с 1654 г., и т. д.
Уже при Алексее Михайловиче делались попытки как-то упорядочить устройство этой махины: то появился Приказ тайных дел, ставший над всеми другими; то группу приказов давали под начальство одного человека. То же продолжалось и при его сыновьях-преемниках.
При Петре, в конце столетия, тоже существовали такие объединения приказов - по однородности порученных им дел, по традиции.
Закрыли Земский приказ, ведавший полицейскими функциями в Москве. Их передали Стрелецкому приказу, который после расформирования московских стрелецких полков утратил эту часть своей деятельности. За ним остались противопожарные мероприятия, а также дополнились общие полицейские функции. В связи с этим он стал называться иначе: Приказ земских дел.