Восставшие рассчитывали на московский простой люд - чернь, среди которой, по свидетельствам современников, в это время были волнения, так как она высказывала недовольство дороговизной хлеба и других съестных припасов. Они надеялись и на помощь стрельцов из других городов, донских казаков и солдат.
Интересно, что в среде восставших вызревала даже мысль о расправе с царем Петром, замене его другим лицом, перемене династии.
После «большого круга», пли «совета», па Двине все четыре полка направились к Москве.
Известие о выступлении стрелецких полков вызвало переполох в Москве среди бояр-правителей. Богатые люди начали убегать из столицы. Боярская дума, неоднократно собиравшаяся на заседания, вынесла решение послать против стрельцов несколько полков из дворян, солдат и прочих (собрали даже отставных, конюхов, подьячих, недорослей) - всего, по сообщению И. Г. Корба, до 8 тыс. человек и 25 пушек. Возглавили войско боярин А. С. Шеин, генерал П. Гордон, генерал-поручик князь И. М. Кольцов-Мосальский. Царские ратники шли поспешно. Вечером 17 июня они подошли к Новоиерусалимскому Воскресенскому монастырю.
Переговоры, которые воеводы вели с восставшими, быстро закончились. В разговор вступили орудия. Восставшие развернули знамена и открыли огонь из пушек и ружей, ранили четырех человек. Вслед за тем пушки полковника Граге точным огнем стали косить ряды стрельцов, и они смешались. Восставшие после третьего залпа бросились на солдат, но уже следующий залп окончательно смял их, и повстанцы начали разбегаться, сдаваться в плен.
В ходе сражения, довольно короткого, было убито 15 - 20 стрельцов, около 40 ранено. Большинство остальных переловили и посадили под караул в Воскресенском монастыре.
Во время розыска, предпринятого по указанию московских бояр, Шеин приказал из всей массы восставших выделить выборных, «беглецов» в Москву (в марте того года) и «пущих заводчиков», т. е. наиболее активных деятелей восстания, его руководителей. Таковых набралось 254 человека. После допросов, в ходе которых они оговаривали друг друга, забыв свои обещания не выдавать, «друг на друга не говорить», Шеин приказал пове-сить 56 «пущих заводчиков», в том числе главных вождей - Туму и др. Это происходило 22 и 28 июня. А 2 июля по решению московских бояр казнили тем же способом 74 «беглеца» в Москву. Всего погибли 130 человек. Умирали они молча, с крестным знамением.
Остальных 1965 человек разослали по разным городам и монастырям. Пробыли они там недолго, чуть более двух месяцев.
Петр, прибывший из-за границы, не скрывал своего крайнего недовольства результатами розыска Шеина в Воскресенском монастыре. Следствие, по его мнению, провели поспешно, не выявили корни «бунта» (то «семя» Милославского, о котором он писал в Москву из-за границы), а большинство его участников отделалось мягкими наказаниями. Зачинщиков движения, по мнению Петра, казнили слишком быстро, не выведав у них необходимые и важные сведения. Недовольство царя прорывалось на людях, принимая дикие, необузданные формы.
По указанию царя в Москву вернули более тысячи стрельцов-повстанцев. 17 сентября 1698 г. начался печально знаменитый стрелецкий розыск, поразивший воображение современников и потомков страшной, беспредельной жестокостью. Уже первые допросы, в том числе Зорина и других активных деятелей восстания, его руководителей, показали Петру, что участники движения начали его из-за своих тягот, нищеты и хотели просить Софью взять власть в случае успеха.
Преступление стрельцов в глазах Петра было явным: «А смерти они достойны и за одну провинность, что забунтовали и бились против большого полка», т. е. против войска Шеина. Вина каждого в отдельности царя не интересовала. Для Петра важнее было выяснить причины движения и, главное, связи его участников с ненавистной Софьей и ее приспешниками.
После жестокого розыска более тысячи человек закончили свою жизнь на плахе и виселицах, других сослали. 16 московских стрелецких полков Петр приказал раскассировать (расформировать). Стрельцов вместе с семьями выслали в разные города и там записали в посадские люди (ремесленники, торговцы). Эту операцию в народе назвали «стрелецким разорением». Царь планировал расформировать все другие стрелецкие полки, но началась Северная война, и вскоре из бывших московских стрельцов создали новые полки. Хотя они хорошо показали себя в Полтавской битве 1709 г. и других операциях, постепенно их переводили в солдаты. Окончательно московские стрельцы исчезли в 1713 г. Городовых стрельцов расформировали только во второй четверти XVIII в., уже после смерти Петра.