Кронштадтский порт был заперт льдами в течение полугода и обладал той особенностью, что суда могли выходить из него только при восточном ветре. Вода настолько пресная, что дерево гниет там весьма быстро. Кроме того, в соседних лесах не растет дуб; его приходится привозить из-за Казани! Петр быстро сообразил все эти неудобства. Он начал искать и нашел для верфей место, более подходящее, в Рогервике, в Эстляндии, в четырех верстах от Ревеля. Но здесь он наткнулся на трудность защиты рейда от штормов и нападения врагов. Ему казалось, что это неудобство удастся устранить, выдвинув в море два мола, устроенных на кессонах из елового дерева, выложенных внутри камнями. На эту затею ушли леса Лифляндии и Эстонии, и дважды снесенную бурями работу пришлось прекратить. С другой стороны, в Петербурге столица с самого начала стесняла торговый город. Присутствие двора делало жизнь дорогой, удорожая, следовательно, и рабочие руки, что отражалось на ценах предметов вывоза, вообще очень объемистых и требующих больших издержек для своего сохранения. По свидетельству современника, голландского резидента, деревянный домик, много худший, чем убогая лачуга нидерландского крестьянина, стоил в Петербурге от восьмисот до тысячи флоринов в год; в Архангельске купец имел возможность прилично жить на четверть этой суммы. Цены за провоз от Москвы до Архангельска стоили от девяти до десяти копеек за пуд; от Ярославля до Архангельска – от пяти до шести копеек, от Вологды до Архангельска – от трех до четырех копеек; между этими местностями и Петербургом они возрастают до восемнадцати, двадцати, тридцати копеек с пуда. Отсюда сопротивление иностранных купцов, поселившихся в Архангельске, когда им предлагали перебраться в Петербург. Петр принимал к тому, по своему обыкновению, решительные меры, запретив торговлю пенькой, лыком, кожами и хлебом через посредство Архангельска. Запрещение, слегка ослабленное в 1714 году благодаря настояниям Голландских Штатов, оставалось в силе в продолжение всего царствования. В 1718 году был разрешен вывоз пеньки и некоторых других продуктов через Архангельск, но с тем ограничением, что две трети всех экспортируемых товаров должны были идти через Петербург. Так дело обстояло с точки зрения мореходства и торговли.
Сама столица была стеснена на берегах Невы причинами вышеуказанными и всеми остальными условиями, географическими, этнографическими и климатическими, по сие время создающими из нее противоречие здравому смыслу. «Странная идея для русского, – говорит Кюстин, – создать столицу славян у финнов, против Швеции, сосредоточить администрацию обширнейшей империи на самой отдаленной оконечности этой империи: выражать намерение приблизиться к Европе, удаляясь от Польши и Германии; и заставлять всех окружающих, чиновников, двор, дипломатический корпус жить под небом, самым немилосердным, одного из самых негостеприимных уголков земли, какой себе можно представить. Место болотистое. Нева значит по-фински „грязь“. В окрестных лесах водятся одни волки. В 1714 году они съели двух солдат, стоявших на часах у пушечно-литейной мастерской. И теперь взорам по выходе из города представляется пустыня. Перед вами расстилается бесконечная равнина, не видно ни колоколен, ни деревьев, ни скота, никаких признаков жизни человеческой или даже животной. Нет пастбищ, невозможна никакая культура». Овощи, плоды, даже хлеб доставлялись издалека. Край этот служил только посредником между морем и сушей, и вплоть до царствования Екатерины наводнения составляли в столице хроническое явление. 11 сентября 1706 года Петр, вынув из кармана всегда находившийся при нем прибор для измерений, убедился, что вода стоит на двадцать один дюйм выше пола в его домике. Вокруг него плавали мужчины, женщины, дети, уцепившись за обломки строений, снесенных рекой. Он делился впечатлениями с Меншиковым: «Зело было утешно смотреть, что люди по кровлям и деревьям будто во время потопа сидели, не точию мужики, но и бабы». Письмо помечено: «Из парадиза [из рая]». Можно усомниться, чтобы у Петра нашлось много единомышленников, разделявших такое восхищение. Облегченные теперь устройством железных дорог, пути сообщения были во времена великого царствования не только затруднительными, но и опасными. Отправляясь из Москвы в Петербург в апреле 1723 года, Кампредон истратил тысячу двести рублей, потопил восемь лошадей и часть багажа, употребил месяц на переезд и доехал больным. Сам Петр, опередивший дипломата, принужден был сделать верхом часть дороги, переправляясь через реки вплавь.