Одновременно с реформированием государственной системы управления Петр не забыл реформировать и управление в церкви. Он, без сомнения, оставался религиозным человеком, ревностно исполнял заповеди Божьи, редко пропускал публичные богослужения. Петр почти никогда не работал в воскресные дни и этого требовал от своих подданных. Петр часто говорил: «Кто забывает Бога и заповедей его не хранит, тот при всей своей работе не будет иметь успеха и мало пользы получит». Царь особенно не любил, когда в церкви во время службы прихожане разговаривали. Для борьбы с этим царь в храмы, которые посещал, назначил надзирателей. Кроме того, он приказал при входе в церковь привесить на цепи ящик, в который знатные люди, разговаривавшие во время богослужения, должны были класть по рублю для нищих. «Простолюдины, – пишет князь Голицын, – впавшие в сию вину, наказываемы были палками по выходе из церкви или надевали на шею ошейник». Между тем царь был слишком прагматичным и рациональным. В его церковной политике главным, пожалуй, оставалось стремление подчинить церковь власти государства. Возможно, к этому подталкивали Петра церковный консерватизм и поддержка церковью сына Алексея. Когда в октябре 1700 года умер патриарх Андриан, Петр 16 декабря назначил «местоблюстителем и администратором патриаршего престола» рязанского митрополита Стефана Яворского, уступчивость которого облегчала проведение реформ в церкви. В январе 1701 г. учреждается Монастырский приказ – светское учреждение по управлению церковными вотчинами. Деньги с монастырских крестьян и промыслов потекли теперь в государеву казну В 1704 г. из монастырских служителей и разночинцев формируется драгунский полк. Командиром его назначается И. А. Мусин-Пушкин. Полк этот полностью содержался за счет духовенства. В 1716 году издаются правила для духовенства, в которых разъяснялось, какую политику вести в отношении старообрядцев, как содержать по правилам и уставам монашествующих. Еще раньше указами от 1708 и 1710 гг. предписывалось детей церковников отдавать в светские школы под страхом лишения права наследования места родителей. Но все же Петр считал необходимым, чтобы основной закон, относящийся к делам церкви, исходил не только от светской власти, но и от духовенства.
Проект такого документа, получившего название «Духовный регламент», обсуждался 24 февраля 1720 г. на совместном заседании Сената с находящимися в Петербурге архиереями и архимандритами. Но регламент должны были лично подписать наравне с сенаторами и высокопоставленные лица из церковной иерархии. Сбор подписей затянулся почти на год. К январю 1721 г. Духовный регламент подписали 87 человек, и 25 января он получил силу закона. В первых разделах регламента говорилось о новом высшем церковном учреждении – Духовной коллегии, которая вскоре стала именоваться Синодом. Во главе Синода Петр поставил престарелого Стефана Яворского, который через год умер; вице-президентом стал верный помощник Петра I Феофан Прокопович, автор ряда сочинений о государе, среди которых: «История императора Петра Великого от рождения его до Полтавской баталии»; «Слово похвальное о флоте российском»; «Правда воли монаршей во определении наследника державы своей» и многие другие. Под его руководством в Духовном регламенте записали, чтобы иерархам «в мирские дела и обряды не входить ни для чего». Создание Синода означало полное подчинение духовной власти светской. Святейший правительствующий Синод по образцу светских коллегий состоял из назначенных царем представителей духовенства. Контроль за их деятельностью осуществлял обер-прокурор – лицо светское, подчиненное царю.