20 октября 1894 года вступил на престол Николай II, при котором сохранялась такая же практика. В условиях нарастающего кризиса политической системы в начале XX века, при слабости Николая II как государственного деятеля, министры стали использовать перлюстрацию в качестве орудия личностной или ведомственной борьбы.
Насколько император интересовался деятельностью ЧК видно из того, что он однажды собственноручно отобрал 3 золотых и серебряных портсигара с гербами и бриллиантами в качестве царских подарков и передал их секретному чиновнику для вручения сослуживцам в виде поощрения за полезную деятельность.
В течение всего периода правления Николая II Россия была лидером в сфере перехвата и дешифровки дипломатической почты. Великобритания, Германия, США и большинство менее влиятельных государств вообще не имели подобной службы вплоть до Первой Мировой войны. Единственным серьёзным конкурентом России в этой сфере была Франция.
В этом отношении император Николай II резко отличался от своего отца, императора Александра III. Он, когда ему доложили о «секретной экспедиции» и объяснили её предназначение, ответил: «Мне это не нужно» и в течение всего своего царствования отказывался читать выписки из перлюстрированных писем, хотя несколько министров делали попытки заинтересовать его этим.
5 января 1895 года ему был представлен доклад министра внутренних дел П.Н. Дурново «О перлюстрации». В основном текст был переписан с доклада 1882 года. В ряду новых моментов указывалось, что «на обязанности перлюстрационной части лежит также задержание пересылаемых по почте прокламаций и листков противоправительственного и революционного содержания, а равно старание раскрывать деятельность и замыслы революционеров и других, подозрительных в политическом отношении личностей, и вообще доставление Департаменту полиции сведений, дающих ему возможность успешно бороться с революционным движением в России».
Одновременно министр подчеркивал крупнейшие достижения службы перлюстрации в охране порядка за последние 15 лет: «…открытие в зародыше военного заговора в Киеве;…открытие целых правильно организованных шаек иностранных военных шпионов в Западном крае; предупреждение имевшегося в виду крушения пассажирского поезда (дело Турчанинова) и, наконец, самое выдающееся… — открытие заговора и предупреждение покушения на жизнь покойного государя императора Александра III».
Самим чиновникам ЧК внушалось, что с их помощью «правительство преследует цель получения точных сведений с мест о настроениях высших должностных лиц и местной интеллигенции, об их отношении к проводимым в жизнь государства реформам», что якобы «в переписке общественных деятелей… порой излагались такие мысли, которыми правительство могло воспользоваться в целях лучшего управления государством».
Одним из крупнейших успехов службы перлюстрации П.Н. Дурново назвал в своем раскрытие в западных губерниях и на юге России широчайшей разведывательной сети, которой руководили офицеры Австро-Венгерской империи. Дело в том, что еще 22 марта 1892 года и 5 января 1894-го П.Н. Дурново доложил государю об обнаружении опорных пунктов австро-венгерской разведки в Варшаве, Брест-Литовске, Радоме, Одессе, Киеве и о результатах следствия.
В докладе также указывалось: «в царствование императора Павла I и особенно… императоров Александра I, Николая I и Александра II, на монаршее воззрение представлялись все извлечения из частной корреспонденции, могущие осветить перед монархом те случаи и обстоятельства, которые, по каким-либо соображениям правительственных или частных лиц, могли бы быть затемнены или скрыты от Его Величества».
Рост революционного движения, постоянно растущий объём перехваченной конспиративной переписки революционеров, важность её дешифровки для ускорения их розыска и ареста — всё это заставило создать службу дешифровки в самом ДП. Перлюстрированные материалы из секретных отделений направлялись в ДП для дешифровки и последующего применения. Старший цензор переписывался с ДП под псевдонимом. Письма, посылаемые на имя «его превосходительства С.В. Соколова», предназначались для отдела цензуры.
В 1893 году ДП издал для внутреннего пользования учебник по графологии и криптографии, написанный действительным статским советником Степаном Николаевичем Мардарием. Он был начальником специального департамента корпуса жандармов. В задачу этого подразделения входило создание сети лабораторий по перлюстрации и графологической экспертизе всей подозрительной корреспонденции. В губернских почтовых отделениях и на таможнях появились чиновники, проверявшие письма и всю печатную продукцию.