1 января 1898 года в структуре ДП начал свою деятельность Особый Отдел (далее — 00), где был сосредоточен весь политический розыск и преследование революционеров. Его специальное отделение целеустремлённо стало заниматься изучениям перехваченных шифрованных писем революционного подполья. В ДП, куда поступали материалы из ЧК и иногда от министра внутренних дел, шла дальнейшая «разработка» перлюстрации: регистрация, дешифровка, проявление химических текстов, копирование и размножение копий.
На основании полученных сведений велась переписка с губернскими жандармскими управлениями, выяснялись личности писавших, адреса, «принимались меры». Каждое перехваченное письмо получало свой номер. Простые и «химические» письма регистрировались отдельно: первые просто получали номер, к химическим добавлялась буква «X».
Фамилии, упоминавшиеся в письмах, вносились в картотечный алфавит. Именные карточки составлялись на автора письма, получателя, на все имена и фамилии, упоминавшиеся в письме. Так детально расписывались только письма революционеров. Письма государственных и общественных деятелей редко проходили такую обработку. Они, как правило, не регистрировались и подшивались в отдельные дела в хронологическом порядке.
В ДП вся перлюстрация сосредоточилась в 5-м отделении 00 ДП, где шла разработка партийных материалов. Копии писем, касавшихся деятельности партии эсеров, анархистов, террористических организаций, поступали во 2-е отделение 00 ДП, занимавшееся этими партиями.
Материалы по социал-демократическим организациям поступали в 3-е отделение, а национальным организациям — в 4-е. Здесь же шла последующая разработка этой переписки, но уже розыскного характера, на основании сведений, полученных из писем. Это была кропотливая и сложная работа, которая требовала глубокого знания революционного подполья.
Копии писем посылались в соответствующие охранные отделения и ГЖУ для выявления лиц, принятия мер и установления наблюдения. Эти, уже вторичные, копии вместе с материалами по разработке и переписке с соответствующими губернскими жандармскими управлениями группировались в делах по наблюдению за партиями, организациями, отдельными личностями.
23 мая 1896 года почтовая цензура была включена в штат Главного управления почт и телеграфов. С 1 января 1897 года официально начала работу цензура иностранных газет и журналов при Варшавском почтамте. По приказу министра внутренних дел Д.С. Сипягина от 1 июня 1901 года ее штат был усилен «двумя чиновниками для секретной переписки».
Сначала секретные чиновники сами занимались и отбором писем, подлежавших перлюстрации. Например, в Петербурге с 1900 года это было обязанностью И.И. Кудряшова, служившего в цензуре иностранных газет и журналов с 1892 года в качестве технического работника.
Он отбирал корреспонденцию по спискам ДП «и вообще по подозрению». Однако расширение масштабов работы потребовало привлечения особо надежных почтово-телеграфных служащих. В Петербурге такую практику стали применять с 1902 года, в Харькове — с 1907 года, в Киеве и других пунктах — с 1908 года.
Как утверждал бывший сотрудник ЧК В.И. Кривош, «иностранная дипломатическая переписка попадала в руки русских «специалистов» практически полностью. В российском ЧК имелся полный набор безукоризненно скопированных печатей для зарубежной переписки всех находившихся в Петербурге посольств и консульств… У российского ЧК имелись копии многих шифров иностранных государств».
С.П. Белецкий, вице-директор ДП (1909-12), директор ДП (1912-14), товарищ министра внутренних дел (1915-16), говорил, что предполагал организовать перлюстрацию телеграфной корреспонденции. Но старший цензор Санкт-Петербургского почтамта М.Г. Мардарьев сообщил ему, что заведующий телеграфной частью Главного управления почт и телеграфов П.С. Осадчий не подходит для этого по своим политическим убеждениям.
В результате планы остались без исполнения. Вместе с тем знаменитый специалист, начальник шифровального отделения ДП И.А. Зыбин, служивший в ДП с августа 1887 года, показал, что Главное управление почт и телеграфов выдавало губернским жандармским управлениям на право выемки телеграмм особые именные «открытые листы».
Наконец, начальник телеграфа железнодорожной станции города Тулы Грудман рассказал председателю следственной комиссии Тульского губернского временного исполнительного комитета А.П. Рязанову 30 июня 1917 года, что на станции с 1906-го по 1914 год стоял особый тайный телеграфный аппарат с возможностью приема и перлюстрации телеграмм от Москвы до Курска. Такие же аппараты, по его словам, имелись на станциях Москвы, Курска и Нижнего Новгорода
Общее руководство всей перлюстрацией в России возлагалось на старшего цензора Санкт-Петербургского почтамта, который был наделен правами помощника начальника Главного управления почты и телеграфа и в то же время находился в подчинении министра внутренних дел, от которого получал распоряжение и санкции на проведение перлюстрации.