Но не меньше поразило и то, что за минувшие со дня войны одиннадцать лет собор так и не был приведен в сколь-нибудь приличный вид. В 1948-м он был отремонтирован снаружи, а вот внутри напоминал настоящее стоячее болото — вместо лампад висели консервные банки и даже пудреницы, ризница в запустении, нет облачений и икон, полное небрежение к благолепию гробниц с мощами святых благоверных князей Довмонта-Тимофея и Всеволода-Гавриила, преподобномученика Иоасафа Псковского и юродивого Николы Салоса. Казалось удивительным, что главный храм Пскова и Псковщины пребывает в таком ужасающем состоянии. Возможно, связано это было с тем, что в начале 50-х весь клир собора был из бывших обновленцев.
К счастью, кроме о. Иоанна, в соборе в то время служил еще один деятельный, энергичный пастырь, горевший желанием возродить духовную жизнь своего прихода. Настоятелем собора назначили его доброго друга — того самого иеромонаха Всеволода (Баталина), который вместе с о. Иоанном прошел через лагеря и с котором он встретился в монастыре. «Сидельцем» был и староста храма. В шутку о. Иоанн назвал эту троицу единомышленников «букетом моей бабушки» (так называлась популярная марка мыла). Будучи годами лишены любимого служения, теперь они с жаром восполняли упущенное.
Чтобы не уходить из храма в город, поселились там же, в кремле. Где именно — не очень ясно: в одних мемуарах речь идет об отдельно стоящей колокольне собора, в других — о «старинном кирпичном доме, где им были предоставлены две комнаты и общая кухня. Большая комната служила столовой, и там еще стояла кровать старицы, прислуживавшей отцам. В маленькой обитали отец Иоанн и отец Всеволод». Можно предположить, что местом жительства о. Иоанна была всё же колокольня, так как служивший в том же соборе в начале 1951 года о. Виктор Шиповальников с семейством жил именно там («Квартирный вопрос очень сложен, живем в колокольне вверху без самых необходимых удобств, при постоянных сквозняках и сырости», — докладывал он митрополиту Ленинградскому и Новгородскому Григорию).
Но в любом случае священники приходили домой из храма лишь ночевать. И начали они с о. Всеволодом с того, что попросили выдать им зарплату за три месяца вперед и всю ее потратили на приобретение лампад для собора. Внучатый племянник о. Всеволода Геннадий Тимофеев вспоминал: «Дедушка рассказывал, как они с батюшкой отцом Иоанном занимались восстановлением Троицкого собора во Пскове. Как им пришлось жить тогда в какой-то каморке на полу в закутке. И его всегда восхищало то постоянно радостное, даже восторженное состояние духа отца Иоанна все эти дни, и особая сосредоточенность и отрешенность во время службы — он как бы будучи здесь и не был здесь, а где-то там, словно он вообще беседовал с Самим Господом».
Сусанна Валова, приезжавшая к о. Иоанну в Псков, вспоминала: «Батюшка с отцом Всеволодом! Как они дополняли друг друга. Какая это была пара священников! <…> Богатый жизненный опыт отца Иоанна выливался в живых рассказах, а отец Всеволод очень красочно комментировал и литературно обрабатывал их. Батюшка так и говорил: „Мне бы рассказывать, а отцу Всеволоду — писать“». Двух священников связывала трогательная дружба. Сусанна Валова запомнила, что однажды навещала о. Всеволода в больнице, а ему как раз принесли в передаче апельсины — большую редкость по тем временам. Как их есть в общей палате, при всех, он не знал, и решил позвонить другу — посоветоваться. В ответ в трубке раздался веселый голос:
— Старый каторжник, и не знаешь, как надо поступать в таких случаях? Да дай ты каждому по апельсину, а остальные, сколько тебе угодно, ешь сам!
В августе 1955 года в Псков приехала Мария Николаевна Соколова (1899–1981) — духовная дочь праведного о. протоиерея Алексея Мечёва (1859–1923), иконописец и реставратор Троице-Сергиевой лавры, а в конце жизни — тайная монахиня Иулиания; с ней батюшка был знаком с 1946-го. Он с глубоким восхищением относился к трудам Марии Николаевны и уже много позже писал о ней: «О матушке можно и должно вспоминать не как о иконописце только, но как о человеке-христианине, жившем Богом не только своей специальностью — но всеми своими проявлениями. А это в наше время становится исключительной редкостью, и это блестки Руси, уходящей Святой Руси».