О том, как выглядел монастырь сразу после окончания военных действий, вспоминал о. протоиерей Евгений Пелешев: «Никольская колокольня разбита снарядом, ограда с колоннами перед Михайловским собором разрушена бомбами. <…> В трапезной все окна были тогда забиты досками, в 1944-м бомба упала совсем рядом. <…> Братский корпус обители был изрешечен осколками; крыльцо Успенского собора разбито снарядом. На скотном дворе будто кто-то нарочно нарыл ям — это остались воронки от бомб».
В первое время сохранялась надежда на то, что монастырь не будет затронут репрессиями. Игумен Павел участвовал в митинге по поводу освобождения Печор 24 августа, через четыре дня, на Успение Божией Матери, монастырь посетил первый секретарь уездного комитета партии Овсянников. В Ленинградскую епархию было послано прошение о принятии монастыря в каноническое общение с Московской Патриархией. Всё закончилось 23 октября 1944 года, когда 77-летний игумен Павел был арестован сразу по трем пунктам 58-й статьи Уголовного кодекса. На допросах он частично признал свою вину, получил 10 лет заключения и умер в кемеровских лагерях в июле 1950 года. После ходатайства епископа Зарайского Павла (Пономарева, ныне Патриарший Экзарх всея Беларуси, митрополит Минский и Заславский) и президента Российского благотворительного фонда международной помощи жертвам политических репрессий Н. В. Нумерова игумен Павел был реабилитирован 14 марта 1997 года.
После войны Псково-Печерский монастырь не был ликвидирован, как это планировалось в 1940-м. Возможно, тому способствовали пришедшийся как раз на это время краткосрочный «роман» советской власти с Церковью и тот факт, что в 1944–1946 годах монастырь был вообще единственной действующей обителью на территории РСФСР. Затем возродили Троице-Сергиеву лавру, на которую возлагались «представительские» функции — туда во- зили туристов, официальные иностранные делегации и т. п. А Псково-Печерскому монастырю была уготована участь труднодоступной провинциальной обители. На деле же всё вышло не так, как задумывалось.
Сразу после войны наместниками монастыря были архимандриты Агафон (Бубиц; 1944–1946), Нектарий (Григорьев; 1946–1947), Владимир (Кобец; 1947–1949); в 1950-х годах — Пимен (Извеков; 1949–1954, в 1971–1990 — Патриарх Московский и всея Руси), Сергий (Гаврилов; 1954–1956), Августин (Судоплатов; 1956–1959). В обители кипела работа по восстановлению разрушенного. Немногочисленная (на 1949 год — 45 человек, на 1952-й — 47) братия трудилась, по свидетельству архимандрита Нафанаила, «с 7 часов утра до 7 часов вечера. Каждый час после 50 минут работы десять минут — отдых. Питание было скудное». По воспоминаниям протоиерея о. Евгения Пелешева, «в монастыре не было даже общей трапезной. Обед и ужин брали по келиям, про утренний чай для трудников и послушников никто и не слыхал. Хлеба выдавали нам по шестьсот граммов на день. Раза два или три в неделю давали по три картофелины, сваренные „в мундире“. А уж суп с картошечкой бывал только по воскресеньям да по праздничным дням».
При наместнике архимандрите Пимене (Извекове) в монастыре начались реставрационные работы, наладилась хозяйственная сторона жизни обители — в частности, был приобретен грузовик, обзавелись автономной дизель-электростанцией, выручавшей, когда власти Печор нарочно отключали в городе электричество в Пасхальную ночь. Но в течение 1950-х годов монастырь так и не удалось полностью поднять из руин. Древние башни и корпуса по-прежнему были полуразрушенными, в крепостных стенах зияли дыры, в которые могли свободно проходить коровы… Всё изменилось с назначением 28 июля 1959 года на должность наместника игумена Алипия (Воронова). На его личности стоит остановиться подробнее, так как с ним связана целая эпоха в жизни обители.
Крестьянин по происхождению, Иван Михайлович Воронов родился 28 июля 1914 года в подмосковной деревне Тарчиха и до войны жил обычной жизнью — окончил школу, работал в колхозе, прокладывал московское метро и трудился там же кассиром и помощником дежурного по станции, позже работал на заводе, в 1936–1938 годах служил в армии. Тогда же проявил незаурядный талант художника. В феврале 1942-го — мае 1945 года участвовал в Великой Отечественной войне, которую гвардии рядовой 16-й гвардейской механизированной бригады 4-й танковой армии Иван Воронов закончил кавалером ордена Красной Звезды и медали «За боевые заслуги» (уже после войны он получил медали «За взятие Берлина» и «За освобождение Праги»). В 1946–1950 годах работал художником в Москве. Тогда же произошло событие, изменившее его жизнь: «В 1948 году, работая на пленэре в Троице-Сергиевой Лавре под Москвой, я был покорен красотой и свое- образием этого места, сначала как художник, а затем и как насельник Лавры, и решил посвятить себя служению Лавре навсегда».