Закончилась мирская биография Ивана Михайловича 12 марта 1950 года, когда он поступил послушником в Троице-Сергиеву лавру. Послушанием ему были определены реставрационные и иконописные работы. В августе того же года он принял монашество с именем Алипий. Такое же имя носил самый первый русский иконописец — живший в XI веке преподобный Алипий Печерский, которому, по преданию, помогали в написании икон ангелы.
Осенью 1950-го о. Алипий был рукоположен в иеродиаконы и иеромонахи, после чего занял ту же должность, которую в 1946-м какое-то время занимал о. Иоанн, — стал ризничим Троице-Сергиевой лавры. В апреле 1953 года был возведен в сан игумена. В конце 1950-х о. Алипий продолжал оставаться «главным реставратором» Русской Православной Церкви, восстанавливал многочисленные храмы и лично занимался написанием икон. Но его истинным призванием, как выяснилось, было всё же руководство людьми. Недаром период его наместничества в монастыре по сей день считается легендарным и окружен почитанием, а глава о нем в «Несвятых святых» митрополита Тихона (Шевкунова) называется «Великий Наместник».
Игумен (с февраля 1960 года архимандрит) Алипий возглавил монастырь в тяжелейшие годы хрущёвских гонений на Церковь. Его назначение сразу же вызвало резкие возражения со стороны псковского уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви А. И. Лузина. Он уже через неделю после вступления игумена в должность, 18 августа 1959 года, направил на имя своего начальства встревоженное письмо, где высказывался против кандидатуры о. Алипия: «По имеющимся у меня данным по линии патриархии наместником настоятеля намечается игумен Троице-Сергиевской Лавры Олипий (так в документе. —
Но произошло чудо — братия отстояла своего наместника. 14 сентября 1959-го Духовный совет старцев и прочие насельники монастыря обратились на имя Патриарха с рапортом, где писали: «Мы увидели в о. Алипии попечительного отца, мудрого советника в ведении монастырских дел, заботливого труженика о восстановлении монастырских храмов. <…> Мы припадаем к вашим стопам с искренней покорнейшей просьбой — оставьте нам наместника игумена Алипия, который являет нам отеческую любовь, в котором мы увидели мудрого доброго кормчего и который за короткое время пребывания у нас стяжал любовь и уважение всей братии». И 9 октября игумен вернулся в монастырь. Это была убедительная и, как выяснилось впоследствии, Промыслительная победа…
Псково-Печерский монастырь сразу же оказался на прицеле властей. На Троице-Сергиеву лавру они не покушались — это, как говорилось выше, был монастырь «представительский», «для иностранцев». А вот далекая от Моск- вы небольшая обитель выглядела беззащитной. И вполне вероятно, что участь монастыря действительно была бы решена, если бы не мужество и принципиальность о. Алипия. В этом мужестве его укрепляла фраза, которую адресовал ему незадолго до своей смерти прозорливец иеросхимонах Симеон: «Действуй смело, тебе ничего не будет».
Атаки на монастырь были разнообразны — то «по мелочам», то масштабные. И на каждую у о. Алипия находился остроумный, а главное — действенный ответ. Так, когда у монастыря решением Печорского райсовета отобрали все хозяйственные угодья и пасти тридцать монастырских коров стало негде, он выпустил скотину прямо на Успенскую площадь, на прекрасные клумбы с цветущими розами. Находившаяся тогда в монастыре делегация представителей иностранных компартий ошалело наблюдала за тем, как коровы, мыча, топчут дивный розарий. Представители Псковского обкома, задыхаясь от негодования, бросились к наместнику, но тот лишь пожал плечами:
— А что делать? Пастбища у нас отобрали, а коров пасти ведь где-то надо.
Так пастбища вернулись к монастырю.
В другой раз из города пришли отбирать ключи от Богом зданных пещер — в них запрещалось служить панихиды. Архимандрит повернулся к своему келейнику и без тени юмора приказал:
— Корнилий, давай сюда топор — головы рубить будем.
Комиссия в смятении ретировалась (мало ли — вдруг не шутит?..), но потом всё же вернулась. Ведь на руках у о. Алипия был указ его прямого начальства — архиепископа Псковского и Порховского Иоанна: панихид в пещерах не служить, ключи передать.
— Получили вы этот указ?
— Получил.
— Почему не выполняете?!
— Потому что указ составлен под давлением и в минуту слабости духа. А я слабых духом не слушаю, я слушаю только сильных духом.