Первая же встреча с районным руководством порадовала о. Иоанна. Ему твердо заявили:
— Вот что, батюшка. Храм в Некрасовке существовал и будет существовать. Вы должны поддерживать его и быть на высоте своего положения.
На фоне творившегося в стране антирелигиозного шабаша это звучало более чем смело. Впрочем, разгул затеянной Хрущёвым кампании уже подходил к концу. А 14 октября 1964-го, на Покров Божией Матери, и самого «дорогого Никиту Сергеевича» бесславно отправили на пенсию. Первым, а с 1966-го — генеральным секретарем ЦК КПСС стал почти ровесник о. Иоанна (родился в 1906 году) Л. И. Брежнев, при котором откровенные гонения на Церковь были свернуты. Воинственная атеистическая пропаганда сменилась научно-атеистической, был взят курс на встраивание Церкви в партийно-государственную машину, хотя ее участие в патриотической или благотворительной деятельности было по-прежнему запрещено. В целом Церковь в представлении лидеров СССР тех лет должна была выполнять функцию некоей четко регулируемой «картинки», призванной успокаивать зарубежное общественное мнение, создавать видимость разнообразия советской жизни, а также участвовать в «борьбе за мир во всем мире».
…Храм, освященный в честь одного из любимых святых о. Иоанна, святителя Николая Чудотворца, был построен в Некрасовке в 1912 году — деревянный, относительно небольшой и очень уютный. Электрическое освещение в нем отсутствовало, как и в самой Некрасовке. Средств тоже не было — не на что даже свечей купить, и в храме использовали старые огарки, а паникадило зажигали лучиной. На клиросе «кто в лес, кто по дрова» пели две местные старушки. Предыдущий настоятель, как рассказали батюшке, попивал с тоски… О. Иоанну снова в одиночку нужно было поднимать приход, находившийся на грани закрытия.
Первую службу на новом месте о. Иоанн служил 11 июня 1964 года, на отдание Святой Пасхи. Местная прихожанка Клавдия Енгалычева вспоминала: «В тот день я сама себе говорила, что в церкви „Христос воскресе“ кончилось, а у нас только начинается — такая радость была!»
Как всегда, начали с хозяйственных забот. В Ермишь зачастили гонцы от о. Иоанна — раздобыть кирпичи, олифу, железо. Возили это всё на телеге, по ночам, чтобы никто не видел. Слова начальства — одно, а как оно будет на самом деле, никто ведь не знал. И в скором времени произошло очередное чудо — Некрасовка будто расцвела. Снова на огонек, зажженный батюшкой, потянулись люди, снова работал народный «телеграф», извещая о том, где можно послушать слово о. Иоанна. «Как он, дорогой наш, о людях заботился! — вспоминала староста Никольского храма София Федотовна Ульянкина. — Церковная сторожка при церкви была, ему бы в ней и жить, так он из нее сделал ночлежный дом, в котором ночевали богомольцы, приходящие на службы из дальних деревень. Оборудовал в этом же доме и крестилку. Крестил тайно по вечерам, венчал в церкви ночью. И это всё тайно, тайно. Одним словом, жили мы при отце Иоанне по Божиим законам. Мир да любовь, да труд. Люди отвечали на любовь отца Иоанна своей любовью».
Впервые с незапамятных времен зазвучали в Некрасовке полные службы Страстной седмицы, чин Погребения Спасителя и Матери Божией. Студент Ленинградской духовной академии Дамиан Круглик побывал в Некрасовке со своей невестой Лией на Успение 1965 года. Служба поразила его своей красотой, чинностью, благолепием. Не меньше поразил и сам о. Иоанн: «Я впервые увидел священника идеального, такого, каким должен быть каждый из нас. <…> Я видел всё в идеале: и за богослужением, и в домашней обстановке, и в его отношении с прихожанами при совершении таинства Исповеди и певчими на клиросе. <…> Напутствуемые батюшкиными молитвами и благословением, мы уезжали из Некрасовки как на крыльях. Мой путь предстоящего священства был определен».
То же Успение 28 августа 1965 года запомнила и сестра Лии Круглик, Алевтина Мизгирева: «От Рязани до Ермиши летели на самолете, а до Некрасовки еще 8 километров добирались на лошадке. Мы везли корзину цветов к празднику. В храме вокруг плащаницы поставили белые гладиолусы по паре, и двенадцать лампад звездочками замерцали среди зелени. Богомольцев собралось множество: местные и из дальних деревень. Удивили дети. Их было так много, и все они с цветами и свечами. Отец Иоанн поставил их вокруг плащаницы. Еще до начала службы в храме чувствовалась атмосфера праздника. Сама служба прошла на одном дыхании, люди не хотели расходиться. Слышу разговоры: „Такой службы не помним, на небесах были!“ Храм опустел, погашены все лампады, кроме двенадцати вокруг плащаницы. И дал мне Бог увидеть продолжение молитвенного предстояния отца Иоанна. Нас, четверых приезжих девушек, он оставил в маленькой комнатке при храме. За полночь мне захотелось пойти к плащанице, но я тут же тихонько вернулась. Перед плащаницей в слабом свете лампад на коленях стоял и молился отец Иоанн. На рассвете он позвал и нас помолиться вместе. Из храма мы вышли, когда занималась заря».