Недомогание не помешало Ивану Третьему в августе-сентябре 1503 года провести знаменитый церковный собор, на котором Великий князь, при поддержке некоторой части духовенства (так называемых «нестяжателей»), поставил вопрос о секуляризации церковных земель. Новгородский опыт наглядно показал Ивану, что, завладев монастырскими и владычными землями, он может разместить на них сотни и тысячи верных слуг дворян. Это способствовало бы укреплению армии и государства.
На соборе 1503 года обсуждался вопрос: «достоит ли монастырям владеть селами?». Иван Третий и его соправитель Василий пытались распространить новгородский опыт конфискации церковных земель на Москву. Однако притязания властей натолкнулись на сопротивление митрополита Симона, архиепископа новгородского Геннадия, троицкого игумена Серапиона и других иерархов. Архиепископ Геннадий, забыв об осторожности, с такой горячностью защищал неприкосновенность церковных имуществ, что Иван Третий оборвал его самым грубым образом: «Многим лаянием уста ему заградил, зная его страсть сребролюбную».
Собор 1503 года ограничился тем, что принял решение запретить иерархам взимать плату за поставление на престол.
Сразу по возвращении в Новгород архиепископ Геннадий «начал брать мзду у священников за поставление на престол хуже прежнего». Власти использовали благоприятный случай для расправы с Геннадием. В 1504 году посланцы Москвы опечатали софийскую казну в Новгороде и 1 июня того же года увезли Геннадия в столицу. 26 июня владыка отрекся от архиепископского сана «поневоле» и был отправлен в Чудов монастырь.
В декабре 1504 года в Москве собрался собор, на этот раз специально посвященный еретикам. Заседаниями его впервые наряду с Иваном Третьим руководил новый «великий князь всея Руси» Василий Иванович. Оба великих князя «с отцом своим Симоном митрополитом обыскаша еретиков и повелеша лихих смертною казнью казнити». Федор Курицын на соборе не фигурировал; к смертной казни был приговорен его брат Иван Курицын, Митя Коноплев и Иван Максимов; Некрас Рукавов был казнен в Новгороде. Некоторое время спустя в том же Новгороде казнили юрьевского архимандрита Кассиана, его брата и других еретиков. Доживавший свои дни в Чудовом монастыре новгородский инквизитор Геннадий мог быть удовлетворен — его последователи пошли еще дальше, чем он в 1490 году, предав огню не только колпаки на головах осужденных, но и самих еретиков.