Уже с августа 1501 года Василий Иванович именуется в грамотах «великим князем всея Руси». Опала и арест Елены Волошанки и Дмитрия произошли в апреле 1502 года.
Мотивировка этой опалы нам не известна: на настойчивые запросы соседних государей (отца Елены, Стефана Молдавского, Александра Литовского, крымского хана Менгли-Гирея) о причинах смены наследника Иван Третий отвечал только: «Который сын отцу служит и норовит, отец того боле и жалует, а который не служит и не норовит, того за что жаловать?!»
Некоторые летописи глухо сообщают, что мать и сын были арестованы «за некое их прегрешение». Через три дня Державный «пожаловал своего сына Василия, благословил и посадил на великое княженье Володимирское и Московское и всея Руси самодержцем, по благословению Симона, митрополита всея Руси».
Царственным узникам были определены самые жестокие (по существу убийственные) условия содержания. Устюжская летопись сообщает: «Внука своего князя Дмитрия Ивановича посадил в каменную темницу и цепи на него положил». Вероятно, столь же тяжким было и заточение Елены Волошанки.
Посол от папы и венгерского короля, выступавший посредником между Литвой и Москвой, жаловался в Москве на то, что московский государь захватывает вотчины у Литвы, на которые он не имеет никакого права. Московское правительство возражало на эту жалобу: «Короли венгерский и литовский объявляют, что хотят стоять против нас за свою вотчину; но они что называют своей вотчиной? Не те ли города и волости, с которыми русские князья пришли к нам служить или которые наши люди у Литвы побрали? Папе, надеемся, хорошо известно, что короли Владислав и Александр вотчичи Польского королевства да Литовской земли от своих предков, а Русская земля от наших предков — из старины наша вотчина. Папа положил бы себе то на разум, гораздо ли короли поступают, что не за свою вотчину воевать с нами хотят».
Это же заявление повторено было Москвой и по заключении перемирия с Александром в 1503 году, когда литовский великий князь стал жаловаться на московского за то, что тот не возвращает ему захваченных у Литвы земель, говоря, что ему, Александру, жаль своей вотчины. «А мне, — возражал Иван, разве не жаль своей вотчины, Русской земли, которая за Литвой, — Киева, Смоленска и других городов?»