Государь был искренне потрясен смертью своего премьер-министра. После покушения на него Столыпин прожил еще пять дней, и, хотя личная охрана советовала царю в целях безопасности немедленно уехать в Ливадию, все это время император оставался поблизости. «Вернулся в Киев 3 сент[ября] вечером, заехал в лечебницу, где лежал Столыпин, видел его жену, которая меня не пустила», – сообщил он императрице-матери. Согласно программе, царь совершил небольшую поездку по Днепру. «6 сент[ября] в 9 час. утра вернулся в Киев. Тут на пристани узнал от Коковцова о кончине Столыпина. Поехал прямо туда, при мне была отслужена панихида. Бедная вдова стояла как истукан и не могла плакать».
Вечером того же дня, когда произошло покушение, Коковцов взял бразды правления в свои руки и предотвратил новое несчастье. Поскольку террорист был евреем, население Киева готовило расправу над его единоверцами. «Всю ночь евреи укладывались и выносили пожитки, а с раннего утра потянулись возы на вокзал. Площадь перед вокзалом осталась запруженною толпой людей, ждавших подачи новых поездов», – вспоминал Коковцов. Перепуганные люди услышали цокот копыт. Появилась бесконечная кавалькада казаков с пиками, выделявшимися на фоне предрассветного неба. По своей инициативе Коковцов вызвал в Киев с маневров три полка кавалерии, чтобы предотвратить погромы. Когда помощник командующего войсками барон Зальца спросил, по чьему распоряжению это делается, Коковцов заявил: «По моему распоряжению, как заступившего место главы правительства». Позднее к министру финансов, исполнявшему обязанности премьера, подошел один из представителей земства со следующими словами: «Ваше Высокопревосходительство, представлявшийся прекрасный случай ответить на выстрел Богрова хорошим еврейским погромом теперь пропал». Коковцов возмутился, но выходка депутата навела его на мысль, что принятые им меры недостаточны «и нужно предупредить возможность эксцессов… Я решил послать… всем губернаторам черты оседлости… телеграмму, требуя решительных мер к предупреждению погромов… до употребления оружия включительно… Государь горячо поблагодарил… за мысль вызова с маневров 3-х казачьих полков для предотвращения погромов».
Император тотчас подтвердил новую должность Коковцова, назначив его преемником Столыпина. Месяц спустя новый премьер-министр посетил царя в Ливадии с целью обсуждения дальнейшей политики правительства. «Мне был оказан самый теплый прием. Придворные наперебой старались проявить ко мне особенную любезность, – писал Коковцов. – …На следующий день, после завтрака, императрица, которой было трудно стоять долгое время, сев в кресло, подозвала меня… Часть разговора врезалась мне в память, поскольку в нем отразилась своеобразная, мистическая натура этой женщины, которой суждено было сыграть необычную роль в истории России».
Императрица заявила: «Я вижу, что вы всё делаете сравнения между собою и Столыпиным. Мне кажется, что вы очень чтите его память и придаете слишком много значения его деятельности и его личности. Верьте мне, не надо так жалеть тех, кого не стало… Я уверена, что каждый исполняет свою роль и свое назначение, и если кого нет среди нас, то это потому, что он уже окончил свою роль и должен был стушеваться, так как ему нечего было больше исполнять. Жизнь всегда получает новые формы, и вы не должны стараться слепо продолжать то, что делал ваш предшественник. Оставайтесь самим собой, не ищите поддержки в политических партиях; они у нас так незначительны. Опирайтесь на доверие государя – Бог вам поможет. Я уверена, что Столыпин умер, чтобы уступить вам место, и что это – для блага России».
В 1911 году, когда Столыпин распорядился провести расследование по делу Распутина, возмущение публики «художествами» лжестарца еще не выплеснулось наружу. Год спустя, когда Столыпина сменил В. Н. Коковцов, они стали достоянием гласности. В выступлениях левых депутатов Думы стали звучать обвинения в адрес «темных сил», стоящих у трона. Вскоре самым модным среди политиканов вопросом стал распутинский вопрос.
«Как это ни странно, – вспоминал в мемуарах Коковцов, – вопрос о Распутине невольно сделался центральным вопросом ближайшего будущего и не сходил со сцены почти во все время моего председательства в Совете министров».