К несчастью, Столыпин навлек на себя и гнев императрицы. В начале 1911 года, встревоженный тем, что такой мерзкий тип, как Распутин, пользуется влиянием при царском дворе, он получил докладную записку командира корпуса жандармов, составленную на основании данных департамента полиции. В ней сообщалось о кутежах и любовных похождениях «Божьего человека». Петр Аркадьевич явился с докладной к царю, чтобы предостеречь его от общества старца. Николай II прочитал записку, но не сказал ничего. Тогда премьер-министр своею властью приказал Распутину оставить столицу. Императрица энергично запротестовала, однако государь не стал отменять распоряжение своего премьера. Распутин отправился в продолжительное паломничество в Иерусалим и по пути корявым почерком писал царице предлинные, цветистые и замысловатые послания.
Изгнание Столыпиным Распутина – еще одно свидетельство трагической изоляции царской семьи и непонимания ее проблем окружающими. Столыпин отнюдь не был бессердечным человеком. Если бы он хоть однажды видел страдания цесаревича и наблюдал облегчение, какое приносит больному своим присутствием Распутин, он не принудил бы того к отъезду. Премьер-министр действовал лишь как здравомыслящий государственный деятель, стремившийся оградить обитателей царского дворца от опасного влияния. Государыня же решила, что Столыпин преднамеренно лишает ее сына помощи человека, поддерживающего жизнь в ребенке, и возненавидела премьер-министра.
От непосильных трудов Столыпин начал сдавать. Изменить за какие-то пять лет порядки, существовавшие столетиями, оказалось не под силу даже такому богатырю, как он. Здоровье Столыпина ухудшилось, он часто болел гриппом, стал раздражителен. Политику, предпочитавшему действовать смело и решительно, трудно было найти общий язык с императором, который был склонен к фатализму и мистике. Например, однажды Николай II вернул премьеру какой-то документ неподписанным, приложив к нему письмо: «Несмотря на вполне убедительные доводы в пользу принятия положительного решения по этому делу, – внутренний голос все настойчивее твердит мне, чтобы я не брал этого решения на себя. До сих пор совесть моя никогда меня не обманывала. Поэтому и в данном случае я намерен следовать ее велениям. Я знаю, вы тоже верите, что „сердце царево в руках Божиих“. Да будет так. Я несу за все власти, мною поставленные, великую перед Богом ответственность и во всякое время готов отдать Ему в том ответ».
В марте 1911 года Государственный совет отклонил законопроект премьера, одобренный Государственной думой, и Столыпин вышел из себя. Он решил, что Государственный совет поступил таким образом из-за того, что царь действовал у него за спиной. Заявив, что, видимо, он не пользуется доверием государя, премьер-министр попросил освободить его от занимаемой им должности – факт неслыханный. Когда два года назад Столыпин вскользь упомянул о возможности его ухода в отставку, Николай II написал: «О доверии или недоверии речи быть не может. Такова моя воля. Помните, что мы живем в России, а не за границей… и поэтому я не допускаю мысли о чьей-либо отставке».
За это время император не изменил своих взглядов, и когда Столыпин начал настаивать, между ними вспыхнул жаркий спор. На попятную пошел царь: «Я не могу согласиться на ваше увольнение, и я надеюсь, что вы не станете на этом настаивать, отдавая себе отчет, каким образом могу я лишиться не только вас, но допустить подобный исход под влиянием частичного несогласия Совета. Во что же превратится правительство, зависящее от меня, если из-за конфликта с Советом, а завтра с Думою будут сменяться министры. Подумайте о каком-либо ином исходе и предложите мне его», – закончил государь.
Когда возник конфликт, императрица-мать послала за Коковцовым. Она встала на сторону Столыпина. «К сожалению, мой сын слишком добр, мягок и не умеет поставить людей на место, – сказала она. – Я понимаю, что у Столыпина опускаются руки, и он не имеет никакой уверенности в том, как ему вести дела». Затем Мария Федоровна стала откровенно обсуждать проблемы, стоявшие перед государем: «Я совершенно уверена, что государь не может расстаться со Столыпиным… Если Столыпин будет настаивать на своем, то я ни минуты не сомневаюсь, что государь… кончит тем, что уступит, и я понимаю, почему он все еще не дал никакого ответа. Он слишком самолюбив и переживает создавшийся кризис вдвоем с императрицею, не показывая и вида окружающим, что он волнуется и ищет исхода… Чем дальше, тем больше у государя будет расти недовольство Столыпиным, и я почти уверена, что теперь бедный Столыпин выиграет дело, но очень ненадолго, и мы скоро увидим его не у дел, а это очень жаль и для государя, и для всей России. Бедный мой сын, как мало у него удачи в людях».