После роспуска 2-й Думы по инициативе Столыпина выборный закон был изменен. Большее значение получили сословные и национальные элементы. Теперь право на участие в выборах принадлежало главным образом мелкопоместному дворянству. В результате 3-я Государственная дума получилась довольно консервативным органом; среди депутатов оказалось даже сорок пять православных священников. С этим тщательно подобранным составом парламента Столыпин чаще всего находил общий язык. Премьер не разделял органической неприязни к законодательным органам, свойственной императору и большинству министров. На заседаниях Думы Столыпин решительно и твердо отстаивал свои убеждения. И тем не менее, когда депутаты проявляли враждебность, премьер-министр без угрызений совести прибегал к статье 87 основных законов, предоставлявшей государю право издавать «чрезвычайные декреты» во время перерывов между заседаниями Государственной думы. Самый знаменитый столыпинский закон относительно изменений в характере владения землей крестьянами был проведен по статье 87.
Несмотря на преобладание в ней консерваторов, 3-я Государственная дума представляла собой независимый орган. Однако члены ее действовали осмотрительно. Они уже не подвергали нападкам правительство. Депутаты от партий, придерживающихся противоположных взглядов, объединяли свои усилия с целью утвердить значение Государственной думы. По примеру британского парламента Дума рвалась к власти, захватывая финансовые рычаги. На закрытых заседаниях члены Государственной думы были вправе требовать от министров отчета о расходах. Такие заседания, проводимые с одобрения Столыпина, были полезны для обеих сторон. Со временем взаимная враждебность уступила место взаимоуважению. Даже в столь щекотливой области, как военные расходы, которые, согласно высочайшему манифесту от 17 октября, безоговорочно определялись государем, стали объектом изучения бюджетной комиссии Думы. Составленная из патриотов, не менее самого императора озабоченных поднятием престижа русского оружия, бюджетная комиссия зачастую рекомендовала ассигнование сумм, превосходивших предлагаемые.
Сэр Бернард Пэйрс, лично знакомый со многими членами Государственной думы, с чувством ностальгии писал о том времени: «Да будет позволено англичанину, воспитанному в традициях Гладстона и чувствовавшему себя в Думе как дома и имевшего друзей среди представителей всех партий, вспомнить минувшее! Прежде всего, тогда царило чувство уверенности, и на этой почве все прочнее пускали корни смелость и инициатива, растущее взаимопонимание и добрая воля. В атмосфере Думы было что-то свежее, как в школе. Подчас тебя охватывало чувство изумления при виде того, насколько просто устранялись разногласия, казавшиеся неразрешимыми. Ты видел, с каким наслаждением депутаты включались в общую работу на благо всей страны… Самое малое семьдесят членов Государственной думы, составлявших ядро наиболее важных комиссий, вникали в работу друг друга и правительства. Политическая их компетентность увеличивалась с каждым днем. Посторонний наблюдатель убеждался все более, что партийная принадлежность тут мало значила, и в благоприятных условиях совместного труда ради России люди сближались».
Со временем и государь стал испытывать доверие к членам 3-й Государственной думы. «Эту Думу не упрекнешь в стремлении захватить власть, и нет нужды с нею ссориться», – заявил он Столыпину в 1909 году. В 1912 году состоялись выборы в 4-ю Государственную думу. Состав ее был почти таким же, как и у 3-й Думы. «Дума слишком спешила, – заявил царь Пэйрсу в 1912 году. – Теперь она медлительней, но лучше. И надежнее».
Несмотря на плодотворную деятельность премьера, определенные силы постоянно стремились вбить клин между ним и государем. Реакционеры, в их числе такие влиятельные лица из числа придворных, как князь Владимир Орлов, неустанно твердили императору, что само существование Государственной думы – это позор для монархии. Столыпин, нашептывали они царю, – предатель и тайный пособник революционеров, который смотрит сквозь пальцы на усилия депутатов Думы лишить государя его прерогатив как помазанника Божия. Витте тоже плел нити заговора против Столыпина. Хотя не по вине Столыпина граф Витте впал в немилость у царя и стал объектом его презрительного отношения, бывший председатель Совета министров винил во всем нынешнего премьера. Именно Витте был автором манифеста от 17 октября 1905 года, в результате которого возникла Государственная дума, но теперь, кипя злобой, он примкнул к реакционным элементам и начал подрывную работу против Столыпина.