Вначале внутренней охраны не существовало, и у пленников была свобода передвижения. В первое же утро царская семья отправилась в находившийся напротив дом Корнилова, чтобы взглянуть, как устроились решившие разделить их участь лица из свиты и прислуга. Солдаты возроптали, и Кобылинский, скрепя сердце, разрешил им обнести дом высоким забором, прирезав кусок боковой улицы. "Император и дети страдали от недостатка места, - вспоминал П.Жильяр. - ...Зато лица из свиты и прислуга пользовались здесь большей свободой, чем в Царском Селе, по крайней мере, в первое время, и могли ходить беспрепятственно в город или в ближайшие окрестности". Когда из Петрограда приехал Сидней Гиббс, он смог без труда проникнуть в губернаторский дом и поселиться вместе с царской семьей. Некоторые помощницы императрицы поселились в городе, а лейб-медику Е.С.Боткину разрешено было открыть небольшую врачебную практику. Всенощные богослужения проходили на дому. В углу гостиной на первом этаже висели иконы и лампады. "Богослужения происходили сначала на дому, в большой зале первого этажа. Настоятель церкви Благовещения со своим дьяконом и четырьмя монахинями получили разрешение приходить для совершения богослужения, вспоминал Жильяр. - Но так как здесь не было алтаря, невозможно было служить обедню. Это было большим лишением для царского семейства. Наконец 21 сентября, по случаю праздника Рождества Богородицы, Кобылинский разрешил, в первый раз, заключенным отправиться в церковь, чем они были очень обрадованы, но это утешение повторялось очень редко. В эти дни вставали очень рано, выходили через маленькую калитку, ведущую к общественному саду, по которому проходили между двух рядов солдат. Мы присутствовали исключительно на ранних обеднях, - продолжал Жильяр. - По дороге в церковь или на обратном пути, мне часто приходилось видеть людей, осенявших себя крестным знамением или падавших на колени при прохождении Их Величеств".
Как и предполагал Керенский, жители Тобольска оставались расположенными к государю. Проходя мимо губернаторского дома, они снимали шапки и крестились. Когда государыня садилась у окна, тоболяки отвешивали ей поклон. Солдатам не раз приходилось разгонять кучки народа, собиравшиеся посередине немощенной улицы при появлении на балконе дома великих княжон. В дар царственным пленникам купцы присылали провизию, монахини из Ивановского женского монастыря приносили сласти, крестьяне масла и яйца.
Оказавшись вдали от зараженной атмосферы Петрограда, полковник Кобылинский сумел в известной степени подтянуть своих подчиненных. Наблюдая некогда недоступных монархов и их детей в непосредственной близости, солдаты с удивлением убедились, какая это простая и дружная семья. Хотя стрелки из 2-го полка были по-прежнему враждебно настроены к царской семье, солдаты 1-го и, в большей степени, 4-го полка привязались к ней, особенно к детям. С этими бойцами часто беседовали великие княжны. Они расспрашивали солдат об их родных местах, о семьях. Мария Николаевна быстро запомнила имена жен и детей всех караульных. Для многих из этих людей Алексей по-прежнему оставался Цесаревичем, предметом особого уважения и любви. Когда дежурило "хорошее" отделение 4-го полка, Алексей с отцом ходили в караульное помещение и играли с солдатами в шашки.
Полковник Кобылинский оставался хозяином положения до конца сентября. В это время в Тобольск приехали два гражданских лица, присланные Керенским, которым надлежало наблюдать за пленниками. Кобылинский же, по их словам, должен был командовать охраной. Комиссар Панкратов и его помощник Никольский были эсерами, проведшими несколько лет в ссылке в Сибири. Хотя они и дружили, но по характеру значительно отличались. Панкратов - низкорослый, неулыбчивый человечек с густой шевелюрой, в очках с толстыми линзами, едва приехав, официально представился Николаю Александровичу.
В своих мемуарах он потом напишет: "2-го сентября я отправился в губернаторский дом. Не желая нарушать приличия, я заявил камердинеру бывшего царя, чтобы он сообщил о моем прибытии и что я желаю видеть бывшего царя. Камердинер немедленно исполнил поручение, отворив дверь кабинета бывшего царя.
- Здравствуйте, - сказал Николай Александрович, протягивая мне руку, - благополучно доехали?
- Благодарю вас, хорошо, - ответил я, протягивая свою руку.
- Как здоровье Александра Федоровича Керенского? - спросил бывший царь..."
Панкратов спросил, не нуждается ли в чем-нибудь низложенный монарх.
"- Не можете ли вы разрешить мне пилить дрова? - вдруг заявил он. - Я люблю такую работу.
- Быть может, желаете столярную мастерскую иметь? Эта работа интереснее, - предложил я.
- Нет, такой работы я не люблю, прикажите лучше привезти к нам на двор лесу и дать пилу, - возразил Николай Александрович.
- Завтра же все это будет сделано.
- Могу ли я переписываться с родными?
- Конечно. Имеются ли у вас книги?
- Даже много, но почему-то иностранные журналы мы не получаем, разве это запрещено нам?
- Это, вероятно, по вине почты. Я наведу справки".