Республиканским НКВД и местным органам предлагалось разделить закрепленные за ними территории на оперативные сектора. В каждом из них создавалась оперативная группа во главе с ответственными работниками НКВД республик, краевых и областных управлений, а в отдельных случаях – начальниками райотдел ений. Основу группы составляли работники госбезопасности. Им придавались войсковые или милицейские подразделения, транспорт и средства связи. Вся ответственность за организацию и проведение операции на выделенной территории возлагалась на начальника группы. Он руководил выявлением, учетом лиц, подлежащих репрессии, ведением следствия, утверждал обвинительные заключения по делам, отвечал за приведение приговоров троек в исполнение.
О каждом подозреваемом собирались подробные биографические данные и компрометирующие материалы. На основании собранных сведений составлялись списки на арест за подписью начальника опергруппы и в двух экземплярах направлялись на утверждение наркому или начальнику Управления. Только они могли дать санкцию на арест.
После утверждения списка начальник опергруппы производил аресты, право на которые удостоверялось выписанным ордером. Арест сопровождался обыском, а основными объектами обыска были определены оружие, боеприпасы, военное снаряжение, взрывчатые, отравляющие и ядовитые вещества, контрреволюционная литература, драгоценные металлы в монетах, слитках и изделиях, иностранная валюта, множительные приборы и переписка.
Приказ требовал проведения следствия в ускоренном и упрощенном порядке. Особое внимание обращалось на необходимость выявления всех преступных связей арестованного. По окончании следствия дело направлялось на рассмотрение тройки. Перечень материалов, необходимых для приобщения к делу, был краток:
«Ордер на арест, протокол обыска, материалы, изъятые при обыске, личные документы, анкета арестованного, агентурно-учетный материал, протокол допроса и краткое обвинительное заключение».
Работа троек осуществлялась в местах расположения республиканских НКВД и управлений либо оперативных секторов. На заседании разрешалось также присутствовать республиканским, краевым или областным прокурорам (если они не были включены в состав троек). Приговоры оформлялись в протоколах заседаний, а затем направлялись начальникам опергрупп для приведения в исполнение. К следственным делам приобщались выписки из протоколов в отношении каждого осужденного. В копии приказа, поступившего в Ленинград, был утвержден следующий персональный состав Тройки по Ленинградской области: начальник УНКВД ЛО Л.М. Ваковский, прокурор области Б.П. Позерн, второй секретарь Ленинградского обкома ВКП(б) П.И. Смородин.
Расстрелы осуществлялись только по указаниям председателей троек, т. е. наркомов республиканских НКВД, начальников управлений или областных отделов. Основанием для этого являлись заверенная выписка из протокола заседания тройки с изложением приговора в отношении каждого осужденного и предписание за подписью председателя тройки. Перечисленные документы вручались лицу, приводящему приговор в исполнение. В 1937–1938 годах в Ленинграде ответственным за это был комендант УНКВД ЛО, старший лейтенант госбезопасности А.Р. Поликарпов. Сейчас трудно восстановить детали этих акций, назвать фамилии их непосредственных участников. Приказ требовал, чтобы расстрелы проводились «с обязательным полным сохранением в тайне времени и места приведения приговора в исполнение». Уверенно можно сказать, что казни тогда производились в помещениях ленинградских тюрем, где содержались арестованные. Документы об исполнении приговора затем приобщались в отдельном конверте к следственному делу каждого осужденного. Сведений о месте захоронения расстрелянных в делах нет.
Приказ № 00447 предусматривал постоянный контроль за ходом операции. Все протоколы троек по исполнении приговоров должны были немедленно направляться начальнику 8-го отдела ГУГБ НКВД СССР с учетными карточками, а на расстрелянных – со следственными делами в их отношении. О результатах предпринятых действий каждые пять дней составлялись сводки, доводившиеся до руководства наркомата кратко по телеграфу и подробно почтой к 1-му, 5-му, 10-му, 15-му, 20-му и 25-му числам каждого месяца. Экстренные сообщения о чрезвычайных происшествиях, эксцессах, появлении грабительских и бандитских групп, побегах за границу и т. п. сообщались по телеграфу немедленно.
Через несколько дней в дополнение к этому приказу последовал циркуляр № 61 (от 7 августа) наркома внутренних дел СССР за подписью Фриновского. Циркуляр был посвящен усилению борьбы с грабителями и уголовниками-рецидивистами. В соответствии с ним на рассмотрение Особой Тройки передавались все уголовные дела на:
а) совершивших вооруженные грабежи и грабежи с насилиями;
б) рецидивистов, привлекаемых за скотоконокрадство, рывки (способ грабежа, когда преступник вырывает вещи из рук потерпевшего или срывает с него одежду, украшения, а затем ударяется в бегство.