Подлинно новые модификации были разработаны ОКБ А.Н. Туполева совместно с заводом № 22 в 1962 году. Новые машины учитывали большой прежний опыт производства. В начале 1963 года был готов первый Ту-104Е. Лучше были и новые двигатели М16-15 большей тяги (18 кН) при сниженном расходе топлива. Воздухозаборники двигателей были усовершенствованы. Топливо хранилось теперь не в резиновых, а в интегральных баках. Нос был сделан короче, чтобы улучшить обзор пилотам. Двухщелевой закрылок и предкрылки, а также дисковые тормоза радикально улучшали взлетно-посадочные характеристики. Было установлено приборное оборудование нового поколения. Летчики-испытатели ГосНИИ – исследовательского института Аэрофлота – были от машины в восторге. Андрей Николаевич Туполев направил Н.С. Хрущеву письмо пилотов с просьбой о серийной постройке «Е». Бесполезно. Влияние Туполева при приятии важных решений было все-таки не безгранично. Осталось два прототипа, при этом вторая машина имела только новые силовые установки, а в остальном была нормальной «Б» (42443 – прим. ред.). Почему в серию не пошло – до конца не ясно. Предположительно, это произошло из-за отсутствия свободного завода-изготовителя. Предприятия в Харькове и Омске строили уже не Ту-104, а в Казани шел в серии сверхзвуковой бомбардировщик Ту-22.
Подразделение | всего | 104 | 104А | 104Б 104Е |
Московск. упр. | 36 | 2 | 23 | 11 - |
235 ОАО ГВФ | 5 | - | 5 | - |
Дальневост. упр. | 17 | 1 | 16 | - |
Вост-Сиб. упр. | 20 | 10 | 9 | |
Зап-Сиб. упр. | 14 | 1 | 4 | 9 |
Узбекск. упр. | 12 | 1 | 5 | 6 |
Грузинск. упр. | 5 | 1 | - | 4 |
Северное упр. | 7 | 1 | - | 6 |
Ульян. шк./ЛУТЦ | 6 | 5 | 1 | - |
ГосНИИГА | 3 | - | 1 | 1 1 |
Всего | 125 | 13 | 65 | 46 1 |
В 1961 году Казань передала Аэрофлоту последний построенный Ту-104Б. К 1 января 1963 года парк Ту-104-х (157 машин) Аэрофлота достиг своего пика.
Еще 18 лет гудели Ту-104 в аэропортах, прежде чем в 1979 году последний пассажир поднялся на борт. Финальный рейс аэрофлотовского Ту-104 был совершен Одесским авиапредприятием.