Насколько осложнилась ситуация вокруг Ту-104, иллюстрирует сцена летной конференции 200-й эскадрильи во Внукове, состоявшейся через 2 недели после похорон экипажа. В президиуме сидели различные начальники, включая генерального конструктора Туполева. Как только из аудитории был задан вопрос о конкретных причинах падения, Андрей Николаевич пробормотал в микрофон: «Потому что вы не умеете правильно летать». Поднявшийся шум возмущения подавил командир эскадрильи Аверкин из переднего ряда. Он встал и своим низким, не допускающим пререкания голосом обратился к залу: «Товарищи, я прошу почтить память погибших на Ту-104 минутой молчания!» Все, включая президиум, поднялись. Когда в зале установилась полная тишина, Туполев собрал свои бумаги и покинул зал.
Причины этого подхвата совместными усилиями были быстро найдены. Еще при испытаниях летчики выявили проблемы в продольном управлении при высоком М полета (> 0,82), большой высоте (> 10 км) и экстремально заднем положении центра тяжести (> 30%). Сейчас уже знают, что при таком сочетании параметров очень сильный порыв ветра вниз переводит самолет в положение нестабильного полета *. В авиационной науке это было открытием. Статическая продольная устойчивость снижалась из-за «всплывания» элеронов под влиянием сил, возникающих при больших углах атаки. Прямой причиной являлась деформация тяг управления и качалок, из-за чего отклонение рулей высоты вниз для парирования экстремального кабрирования было уже недостаточно. Это могло в конечном счете приводить к сверхкритическим углам атаки и штопору. В данной ситуации Туполеву изменила присущая ему прозорливость: поскольку проблема проявилась в полной мере только на Ту-104, а на Ту-16 она до сих пор не встречалась, он высказал чудовищные подозрения в адрес пилотов Аэрофлота.
Отношения между Аэрофлотом и авиапромышленностью никогда не были безоблачными. Во время внедрения огромного лайнера взаимные претензии привели почти к недоверию сторон друг к другу. Министр авиационной промышленности Дементьев в критический момент поддержал политику ОКБ А.Н. Туполева, обвинив во всех проблемах пилотов Аэрофлота, в доказательство чего привел цифры и проценты. В сентябре 1960-го представитель ГВФ Решетников сделал сообщение на партактиве ОКБ Туполева. Его доклад был полон негодования. Он привел ответные цифры: на сегодня из-за технических проблем с Ту-104 произошло уже 31 летное происшествие, включая 2 катастрофы, 3 поломки и 26 вынужденных посадок. Кроме того, имелось 8 случаев подхвата, 11 посадок с отказавшим двигателем и разными пожарами в полете. В конце речи он выдвинул обвинение: «Быть активными вас может заставить только наши предсмертные крики: «Бросило машину!.. Погибаем!.. До свидания!..»»
Еще в декабре предприняли первые контрмеры. Это была палитра из временных ограничений определенных рабочих параметров и конструктивных мер. В частности, был изменен установочный угол атаки крыла, введены новые приборы. Эти шаги оказались верными. Больше Ту-104 в такие опасные ситуации не попадал. Преодоление этого кризиса было решающим для начала так. называемого Золотого века в советской гражданской авиации.