На Ме-410В-1 /U-2/R-2 два носовых пулемета MG-17 снимались, а в бомбоотсеке монтировались две 30-мм пушки МК- 103 или МК-108. Доработочные полевые комплекты известны как Rustsatz-2 и Rustsatz-3. Rustsatz-2 предусматривал монтаж контейнера Waffenbehalter-105 с двумя пушками МК- 108, Rustsatz-З – контейнер с двумя пушками МК-103. Набор R5 предполагал установку контейнера Waffenbehalter-151 с четырьмя пушками MG-151 калибра 20 мм.
Вариант Ме-410B-2/U-l был схож с Ме-410B-1 /U-1, на нем ставился контейнер WB-151A с двумя 20-мм пушками MG-151. Этот каплеобразный контейнер подвешивался под фюзеляжем сразу за бомбоотсеком. Стандартным вооружением самолета Me-410B-2/U-2 являлись четыре 20-мм пушки MG-151.
Me-410B-2/U-4 нес 50-мм пушку ВК-5 подобно Me-410B-l/U-4, была предусмотрена возможность монтажа в бомбоотсеке двух пушек калибра 30 мм. Фирма Мессершмит изготовила примерно сто доработочных комплектов для модернизации самолетов Ме-410В-2 в вариант Me-410B-2/U-4.
Очередной вариант Me-410B-2/U-3 оснащался поисковой РЛС FuG-200 Hohentvveil. Под установку РЛС пришлось демонтировать два носовых пулемета МС-131Под фюзеляжем можно было подвесить одну торпеду, а в бомбоотсеке поставить две 30-мм пушки.
На церсторерах Ме-410 испытывалось еще несколько вариантов вооружения, включая 37-мм пушки ВК-3.7, эти пушки ставили взамен 50-мм орудий ВК-5.
На Ме-410А-1 испытывался вращающийся барабан с шестью пусковыми установками для 210-мм неуправляемых ракет. Испытательные пуски ракет начались 3 февраля 1944 г. пуски прошли неудачно – был поврежден самолет.
Ме-410В-3 – фоторазведчик, носовые пулеметы сняты, в бомбоотсеке поставлены два аэрофотоаппарата.