Ме-410В-5 – бомбардировщик-торпедоносец с РЛС FuG- 200 Hohentweil и двумя носовыми пушками MG-151. Самолет мог нести под фюзеляжем ракетоторпеду ВТ-Korper. На этой машине проходили испытания и другие перспективные виды вооружения – корректируемые бомбы, торпеды, авиабомбы со стабилизирующими парашютами. Испытания вооружения на Ме-410 проводились в 1944 г. на полигоне Пруфплатц Леба в Померании. Для использования на Ме-410В-5 предлагалась планирующая торпеда L10 Friedensengel. В момент касания воды торпеда отделялась от планера-носителя. Для увеличения дальности полета с носителя планирующих торпед были сняты дистанционные турели, а взамен поставлен топливный бак емкостью 184 галлона. Еще один бак ставился в отсеке вооружения, а все наступательное вооружение размещалось на внешний подвеске. Самолет мог нести две бомбо-торпеды ВТ-200 или ВТ-400, одну бомбу SC-1800, торпеды LT-5b или LT-5i.
Ме-410В-6 предназначался для поиска судов и кораблей противника. Взамен носовых пулеметов MG-131 монтировались антенны РЛС, в бомбоотсеке ставился контейнер с двумя 30-мм пушками МК-103.
Ме-410В-7 и Ме-410В-8 – дневной и ночной разведчики со штатным стрелковым вооружением церсторера. В бомбоотсеке Ме-410В-8 подвешивались осветительные бомбы.
Несколько Ме-410А было задействовано в программах разработки самолетов Ме- 4 ЮС и Me-410D. Ме-410С разрабатывался под несколько альтернативных силовых установок: DB-603JZ, BMW-801TJ или Jumo- 213E/JZ. На Ме-4 ЮС предполагалось установить новое крыло с лучшими несущими свойствами и съемными консолями. За счет использования сменного комплекта консолей представлялось возможным увеличить размах крыла с 58 футов 11 дюймов до 67 футов одного дюйма. Кабина закрывалась фонарем модернизированного типа. Прототип Ме-210С так и не был построен.
Me-410D – проект ночного истребителя с деревянными консолями крыла (для экономии стратегического металла) и РЛС «Лихтенштейн С-1» или SN-2.
Последним проектом стал Ме-410 Н, в основу которого был положен вариант Ме- 4ЮВ-2, но с двигателями DB-603G и прямоугольными в плане вставками в крыло между мотогондолами и фюзеляжем. За счет вставок размах крыла доводился до 22,5 м. Вооружение состояло из двух 20-мм пушек MG-151, двух 30-мм пушек МК-103 и двух 30-мм пушек МК-108. Масса бомбовой нагрузки – 1500 кг. Переделка планера Ме- 410В в Me-410D началась, но до конца войны ее завершить не успели.
Ме-410 на боевой службе
Пять первых серийных Ме-410 были переданы люфтваффе в январе 1943 г., к концу апреля ВВС Рейха получили уже где-то порядка 48 самолетов данного типа.
В апреле – мае 1943 г. истребители Ме- 210 в I1/ZG-1 и 27(F)-122 заменили на Ме- 410A-1/U-2. В числе первых подразделений церстореров новый тип получило Erprobungskommando-25, которым командовал гауптман Эдуард Тратт, часть дислоцировалась на аэродроме Витмундхавен. То была специальная часть, предназначенная для испытаний новых систем оружия, тяжелых пушек и ракет.
В сентябре 1943 г. гауптман Тратт с сожалением оставил Erprobungskommando-25, приняв командование II/ZG-26 «Хорст Вессель». Данный гешвадер начал оперировать супротив американцев в системе обороны Рейха, базируясь поначалу в Оберпфаффенхофене, а потом в Кенигсберге. Сам Тратт ногиб 22 февраля 1944 г. в бою с американскими четырехмоторными бомбовозами в районе Нордхаузена. К моменту гибели на счету легендарного аса числилось 38 побед в воздушных боях.
Стаффель 5./KG-2 начала переход с Do- 217 на Ме-410А-1 в апреле 1943 г., но прежде чем закончился процесс конверсии на Ме- 410, сгаффель переконвсртировали обратно на Do-217, а уже полученные церстореры были сданы в V./KG-2.3Ta группа принимала участие в «Маленьком Блице» – рейдах в Англию, которые люфтваффе проводили в 1943 – 1944 г.г. В январе 1944 г. группа V./ K.G-2 была преобразована в гешвадер II./ KG-51, войдя вместе.со штабом эскадры и гешвадером I/KG-51 «Эдельвейс» в состав LuftwafTenbefehlshaber Mitte. дислоцировавшийся во Франции. Гешвадер базировался в Бювье.
Примерно 15 Ме-410 из KG-51 2 апреля 1944 г. пристроились к бомбардировщикам американской 2-й дивизии, которые возвращались на британские базы после бомбежки Германии. Мессершмитты нанесли удар сразу после того, как бомбардировщики приземлились па домашних базах и уничтожили на земле несколько «Либерейторов». Один Ме-410 сбили зенитки. Этот самолет (9К+НР, заводской номер 420458) видели взрывающимся в небе над Эшби. Экипаж Ме-410 в составе пилота обер-лейтенанта Клауса Крюгера и стрелка-радиста фельдфебеля Рейхрадта погиб.