Сбылась мечта Менделеева, которой он отдал столько сил. Тем не менее, несмотря на все успехи, русская нефтяная промышленность неуклонно сползала в кризис перепроизводства. Очевидные выгоды цивилизованной добычи, транспортировки и переработки, которые отстаивал Дмитрий Иванович, просто не доходили до ушей большинства тех, кого теперь принято называть игроками нефтяного рынка. На Алшероне царила атмосфера невероятного, дикого рвачества, которая захватывала даже более-менее цивилизованных промышленников. Нефть добывалась единственно ради получения из нее керосина. Остальное сжигалось здесь же в огромных ямах. Хранилища были переполнены дешевой, почти даровой нефтью. Подобно неразумным, жадным детям, ворующим на бахче арбузы и выгрызающим из каждого одну только сердцевину, чтобы тут же схватить и разбить следующий, промышленники пренебрегали нефтью близкого залегания, которую нужно было выкачивать, предпочитая бурение глубоких скважин, чтобы нефть фонтаном сама шла к ним в руки. В результате 150 бакинских скважин давали в сутки столько же нефти, сколько производили 24 тысячи американских.
Внести организацию в этот процесс государство было не в состоянии; впрочем, оно даже не было способно разобраться в ситуации, не то что разработать план, включающий, скажем, такие «мелочи», как строительство маяков для обеспечения прохода нефтеналивных судов, которые тоже надо было еще конструировать и строить. А для вывоза нефти по железной дороге не было ни железных вагонов, ни сколько-нибудь обоснованных тарифов. Строительство нефтепровода Баку-Батум всячески саботировалось, поскольку крупные владельцы скважин не хотели делиться прибылью ни с владельцами трубопровода, ни с переработчиками на Черноморском побережье, тем более что трубопроводом могли воспользоваться и хозяева небольших скважин, которые были особой головной болью нефтяных магнатов. Нефтеносных участков было так много, что масса мелких владельцев, не тративших особых средств на инжиниринг и рабочую силу, стала составлять реальную конкуренцию нефтяным баронам. Тогда те выступили с инициативой обложить каждый пуд добытой сырой нефти пятнадцатикопеечным налогом, подсчитав, что их собственные потери при этом возместятся прибылью от разорения владельцев небольших участков. Именно этот налог и стал главной темой споров между заводчиками, правительством и специалистами, самым крупным из которых был Менделеев.
В 1886 году Дмитрий Иванович совершает две поездки на бакинские промыслы — и для дела, и для того, чтобы побыть рядом со старшими детьми, побаловать их. В первую поездку он взял с собой шестнадцатилетнего Володю (юноша тоже провел это время с толком — начал составлять проект поднятия уровня Азовского моря запрудой Керченского пролива), во вторую — восемнадцатилетнюю Ольгу, которой он дал возможность почувствовать себя взрослой дамой, возил на фаэтоне, покупал наряды, знакомил с интересными людьми и вообще ни в чем не отказывал. По возвращении из второй поездки Менделеев подает министру финансов Н. X. Бунге «Записку об акцизе на нефть», в которой со всей определенностью выступает против введения налога на добычу сырой нефти. Среди причин он указывает наличие множества лазеек для обмана и злоупотребления, а кроме того, пишет: