Казалось, жизнь этого уже немолодого человека после бурных событий наконец-то налаживалась. В 1885 году по выслуге тридцати лет Дмитрию Ивановичу была назначена пенсия в размере трех тысяч рублей в год. Еще 1200 рублей он получал за чтение лекций. Заведование лабораторией Менделеев в это время уже оставил, что едва не стало причиной лишения его университетской квартиры — по тогдашним правилам ее мог занимать только профессор, совмещающий лекционную работу и руководство лабораторией. Но ректорат принял решение в виде исключения оставить ее за сверхштатным профессором Менделеевым на всё время его работы в университете. Словом, всё устраивалось совсем неплохо. Но покоя в его душе не было. С одной стороны, его продолжало терзать чувство вины перед бывшей семьей. Его не могли заглушить ни частые встречи с дочерью, ни дорогие подарки, ни долгие тихие беседы с первой женой, ни попытки сблизить две семьи (последнее ему отчасти удалось — Володя, особенно в первые годы, был в очень хороших отношениях с Анной Ивановной, Любой и Иваном. Брат и сестра с нетерпением ждали каждого его приезда в Боблово). С другой стороны, жизнь в кругу благополучной, всё время растущей семьи не могла потеснить в его душе смуту, связанную с его научной деятельностью.
Менделеев как никогда болезненно ощущал свое всё более усиливающееся научное одиночество. Другой ученый, сделавший открытие, равное его Периодическому закону, всю оставшуюся жизнь посвятил бы его «химическому» развитию. Он же взамен кропотливого поиска редкоземельных элементов (эту задачу Дмитрий Иванович, по сути, возложил на своего верного ученика и впоследствии друга пражского химика Богуслава Браунера, которого называл «одним из истинных укрепителей Периодического закона»
[47]) занялся охотой за эфиром, как оказалось, безуспешной, которой отдал, возможно, лучшие годы своей жизни. Пережив тяжелое поражение, он ушел в свою любимую физическую химию, которая за эти годы почти совершенно изменила свое привычное лицо. Ему, прирожденному натурфилософу, были неинтересны и даже чужды все эти загадки электропроводности, ионных равновесий и диффузий. За считаные годы изменился весь строй и стиль актуальной физикохимии, весь ее научный инструментарий. Менделеев горячо упрекал современную ему научную мысль в том, что она пошла не тем путем,
Но конечно же полностью избавить себя от сомнений, заглушить голос своей бессонной интуиции он был не в состоянии. Временами ему казалось, что главную задачу своей жизни он уже выполнил, что всё самое лучшее позади, что почти никто вокруг не понимает его по-настоящему. Нет, его руки не опускались, но всё чаще приходило ощущение близкого конца жизни и хотелось с кем-то объясниться, открыть кому-то душу. И он выбрал в качестве конфидентов своих детей — не теперешних, еще не вошедших в правильный разум, а завтрашних, взрослых, когда они смогут понять его.