Однако в 1615 году Вильяма Синклера приговорили к смерти за то, что он укрывал у себя иезуита-священника и проводил мессы в Росслине. Но повешен был только священник, приговор владельцу Росслина отменил король Яков Шестой, памятуя о долгой службе этого семейства династии. Вильям Синклер был вынужден бежать в Ирландию. Как писал священник Хэй. "причиной его бегства были главным образом пресвитериане, которые очень досаждали ему из-за его католической веры". Однако девять лет спустя росслинские грамоты были публично зачитаны на Рыночной площади Эдинбурга от имени короля.
Эта церемония повторилась в 1648 году, когда Карл Первый уже проиграл гражданскую войну. Два года спустя, после катастрофы в битве при Данбаре, значение Росслинской часовни было открыто по странному милосердию мстительных английских пуритан. Как всегда, верный Стюартам другой Вильям Синклер погиб, отражая нападение англичан с юга. Его тело привезли в часовню и погребли в доспехах в подвале в день поражения при Данбаре, где сражался его сын и наследник Джон. Священник Хэй видел его труп, когда подвалы в XVII веке открывали в последний раз перед тем, как засыпать песком и гравием, а потом заложить тесаным камнем, в каковом виде мы и нашли их, когда пытались найти тайную усыпальницу и спрятанные там религиозные сокровища.
Когда генерал Монк прибыл со своими войсками после победы при Данбаре, он разрушил большую часть Росслинского замка, который доблестно оборонял Джон, сын сэра Вильяма; в итоге оказавшийся в английском плену. Генерал Монк разместил в часовне своих лошадей. Но не очищал ее огнем и молотом, не пытался проникнуть в подвалы. Самое убедительное объяснение такого поступка заключается в том, что сам лорд-протектор Оливер Кромвель учился в Лондонском Тампле, был магистром масонов в Англии и знал, что Синклеры являлись наследственными Великими Магистрами масонов Шотландии и построили часовню как новый Соломонов Храм для хранения масонских тайн.
Владельцы Росслина оставались верны Стюартам и католическому делу. Новый владелец, Джеймс Синклер, следовал обычаям предков. "Он щедро покровительствовал строительству и тянулся к священникам, — писал Хэй о своем приемном отце, — эти две склонности истощали его состояние. Он умер в почтенном возрасте, с репутацией честного человека, но… был слишком снисходительным". И слишком верным. Его сын погиб, сражаясь за короля Якова в Бойноской бите, а "Славная революция"[64] и переход престола к протестантскому принцу Вильгельму Оранскому привели к еще одному нападению черни на часовню и замок. Хэй особенно жалел о разграблении знаменитой библиотеки, обладавшей собранием средневековых католических молитвословов, большинство которых было собрано в XVI веке после того, как они "были унесены сбродом из монастырей во время Реформации". Сам Хэй лишился "нескольких замечательных книг, в том числе подлинного манускрипта Адама Авеля", серого монаха из Джедбергского монастыря, автора "Колеса времен",