Причина этого заключалась в том, что Вильям Синклер, семейство которого обеспечивало деньгами аббатство, забрал священные реликвии и драгоценные чаши и отказался возвращать их. Росслинские Синклеры были щедрыми благотворителями монашеских орденов. Оркнейский граф Генри пожаловал аббатству землю, достаточную для выпаса семи тысяч овец, одеяния из золотой и серебряной парчи, и "дорогие, украшенные камнями чаши" или потиры "для более достойного богослужения". Грамоты цистерцианского аббатства в Ньюбэттле, — тоже разграбленного при вторжении англичан, — восхваляли его щедрость, в том числе дарение молитвенников и серебряного креста ценой в пятьдесят фунтов, с фигурами Девы Марии по бокам, на время похищенного англичанами после Невиле-Кросской битвы. Многие из сокровищ шотландской церкви перед Реформацией представляли собой дары росслинских Синклеров, и они считали своим долгом сохранить их.
В марте 1545 года лорды из Совета велели Вильяму Синклеру вернуть все драгоценные камни, одеяния и украшения "Холирудского аббатства… хранящиеся у него дома". Но он не подчинился. Они находились в тайной сокровищнице в подвалах Росслинской часовни, рядом с усыпальницей. Скорее всего, в тайном складе хранилась и частица Истинного Креста в ковчеге из золота, серебра и драгоценных камней, которую охраняли чашеносец святой Маргариты и семейство Сент-Клеров в течение пяти столетий как самую драгоценную реликвию в Шотландии. Реформация в Англии уже уничтожила почти все святыни и драгоценные реликвии старой католической веры, и Холирудское аббатство тоже будет навсегда обезображено. Шотландия станет еще более усердной в уничтожении священных сокровищ Средних веков.
Хорошо, что эти священные сокровища не вернулись из Росслина, После очередного поражения шотландцев при Пинки Клу Холируд был снова разграблен. На сей раз английские захватчики смогли унести только свинец, содрав с крыши последний металл. Разрушение было до того полным, что самая прекрасная церковь в Шотландии стала после Реформации карьером для мародеров. Однако стражу религиозных сокровищ, сэру Вильяму Синклеру, было доверено сопровождать маленькую Марию, королеву Шотландскую, во Францию, где она обручится с дофином; тем временем ее мать пыталась в отсутствие дочери править непокорной Шотландией. На высокопоставленных католических священнослужителей уже совершались нападения. Джон Нокс, будущий лидер Реформации, увидел Божью волю в поражении шотландцев при Со-луэй Мосс, а возложение короны регента на голову Марии де Гиз назвал
Религиозные войны в Шотландии обострились со смертью в 1558 году бездетной католической королевы Англии Марии Тюдор и восшествием на престол ее единокровной сестры, протестантки Елизаветы. К этому времени Мария, королева Шотландии, была уже замужем за дофином, и французский король Генрих Второй немедленно провозгласил ее королевой не только Шотландии, но и Англии с Ирландией. Поэт Ронсар писал, что Юпитер предопределил ей править Англией три месяца, Шотландией три года, а Францией полгода. Французская и католическая угроза казалась такой неминуемой, что шотландские мятежники-протестанты атаковали пограничные районы и на время заняли Эдинбург. Еще одно срочное воззвание к "нашему избранному сыну", Вильяму Сент-Клеру из Росслина, Мария де Гиз за год до своей смерти, в 1560 году, подписала от имени Франциска и Марии, как