Твердые сторонники Стюартов и католического дела, росслинские Синклеры были обречены Реформацией, которая произошла на другой год, шотландский парламент ввел протестантское вероисповедание, отменил юрисдикцию папы и запретил отправление мессы под страхом смертной казни за третье нарушение запрета. Эти акты были представлены на утверждение Марин, королеве Скоттов, однако такового не получили. Впрочем, они стали залогом принятия Реформации в Шотландии, и росслинские лорды будут осуждены за свою веру и верность короне. С падением Марии, королевы Шотландской, и пленения ее англичанами через семь лет после смерти матери, Вильям Синклер был арестован, будущее его владений оказалось в опасности, однако в конце концов их возвратили ему.
Нападения эдинбургской черни в 1592 году опустошили Росслинскую часовню, хотя сотню образов Девы Марии, апостолов и святых убрали из них в подвалы с усыпальницей и священными сокровищами католической веры. Четыре алтаря, посвященные Деве Марии, святым Матфею, Андрею и Петру, были разрушены. Однако роскошная часовня, полная языческих по сути изображений и Зеленых людей, не была разрушена полностью по двум причинам. Первая заключалась в том, что Синклеры оставались наследственными Великими Магистрами цехов, гильдий и масонов Шотландии, хотя многие из этих организации вышли из католической веры и приняли протестантскую. Второй причиной послужил
В последние годы XVI века, когда шотландский король Яков Шестой готовился стать английским королем Яковом Первым по смерти Елизаветы, росслинские Синклеры были признаны верными подданными своего суверена, хотя они хранили спрятанные католические сокровища под часовней. Этим объясняется необычная петиция Шоу от 1600 года. Ее подписал Вильям Шоу, управитель королевских работ и ведущий каменщик всей Шотландии, как за столетие до него Джон Мороу. Кроме него поставили подписи главные лица в строительных профессиях. Документ этот подлинный, он хранится в архиве шотландских масонов. В нем содержится просьба к росслинским Синклерам вновь принять на себя роль наследственных Великих Магистров цехов, гильдий и орденов Шотландии, потому что в последнее десятилетие, когда Синклеры были отстранены от своих обязанностей, произошли серьезные беспорядки. В начале петиции полностью признается власть росслинских баронов в предшествующие столетия:
Владельцы Росслина временно утратили свое традиционное судейское положение из-за религиозного конфликта и подозрения в том, что они по-прежнему поддерживают католическое дело и род Стюартов. Но близкая смерть королевы Елизаветы и предстоявший переезд Якова Шестого со двором в Лондон делали невыносимой перспективу новых волнений в ремесленных организациях, когда их единственный судья будет находиться в далеком Вестминстере. Синклеры традиционно являлись роялистами, и всегда играли очень важную роль в Шотландии. Это подтверждается другой петицией, переданной им тридцать лет спустя и вновь подписанной всеми ведущими шотландскими масонами. В это время шотландский и английский престолы занимал второй Стюарт, Карл Первый, и оказывавшаяся ими поддержка власти епископов над могущественными прихожанами вновь угрожала вызвать религиозный конфликт; который в итоге закончился Гражданской войной. Росслинские бароны символизировали былую стабильность посреди ненадежною будущего. Как говорилось в петиции: