Если из всех ломоносовских предложений по переустройству Академии выделить наиболее существенные, то, помимо требования упразднить Канцелярию, следует назвать еще по меньшей мере два. Первое касается высшего академического руководства. «Президентами Академии, — писал Ломоносов, — бывали до сих пор вельможи и царедворцы, которые... не могли отдаваться целиком академическим делам, то ввиду их отлучек и обремененности чуждыми науке занятиями зачастую испытывается нужда в назначении для руководства нашим собранием полномочного заместителя президента, который принадлежал бы к числу старейших академиков и был бы сведущ в разных науках и славен своими заслугами, как в нашем отечестве, так и во всем ученом мире». Должность вице-президента Ломоносов планировал для себя, но единственно в видах искоренения «несчастия Академии», ибо изо всех академиков на ту пору только он вполне соответствовал тем требованиям, которые были предъявлены им к вице-президенту, только он «мог советом и делом прекращать внутренние неудовольствия, все недостатки исправить и приводить науки в цветущее состояние». При всей крутости его нрава, при всех личных трениях с многими академическими служащими, он один неизменно выступал убежденным защитником интересов и прав всего Академического собрания. Профессора и адъюнкты это видели и, начиная с 1745 года, всегда поддерживали его в этом направлении, забывая о личных счетах. Материальные же соображения здесь отсутствовали начисто: Ломоносов к 1764 году уже получал то годовое жалованье (1875 рублей), которое в своем проекте штата он определил для вице-президента. Тем не менее ему не удалось получить желаемую должность. Она была впервые введена лишь в 1800 году, и занял ее один из ломоносовских учеников, академик С. Я. Румовский (кстати, в 1804 году он же стал основателем и попечителем Казанского университета, где кафедру восточных языков возглавил X. Д. Френ, в 1817 году избранный членом Петербургской Академии наук и заложивший основы отечественного востоковедения, — таким образом, отчасти воплотилась ломоносовская мечта об Ориентальной академии). Окончательно институт вице-президентства был утвержден академическим уставом 1836 года.
Вторым кардинальным требованием Ломоносова, касающимся переустройства Академии, было требование расширения социального состава академического штата и в первую очередь студентов университета: «Во всех европейских государствах позволено в академиях обучаться на своем коште, а иногда и на жалованье всякого звания людям, не выключая посадских и крестьянских детей, хотя там уже великое множество ученых людей. А у нас в России... положенных в подушный оклад в Университет принимать запрещается. Будто бы сорок алтын толь великая и казне тяжелая сумма, которой жаль потерять на приобретение ученого природного россиянина, и лучше выписывать!» Впрочем, об этом требовании говорилось уже достаточно.
Таким образом, «три кита», на которых Ломоносов собирался основать «дом муз», — это 1. упразднение Канцелярии и передача всех прав Академическому собранию, 2. утверждение должности вице-президента, который был бы рабочим президентом при вельможе, ничего не делающем для наук, и 3. приведение «в вожделенное течение» гимназии и университета за счет повышения научного уровня подготовки учащихся и расширения их сословного состава.
На этой основе и стало бы возможным приведение «наук в цветущее состояние» и воплощение многих организационных замыслов Ломоносова, из которых иные просто поражают своею просторной и дальней перспективой. Так, например, в 1759–1760 годах он разработал план создания того, что теперь называют академгородком. Это был бы обширный научный комплекс из четырнадцати зданий с кабинетами, лабораториями, мастерскими, музеем, библиотекой, типографией, университетскими аудиториями и гимназическими классами, а также с жилыми помещениями для профессоров, адъюнктов и прочих академических служащих. К. Г. Разумовский предложил Ломоносову составить чертеж и смету, что тот и сделал. Соответствующую бумагу направили в Сенат. Там все и замерло. Возможно, сенаторам показалась непомерною не такая уж и большая сумма, потребная на постройку академического центра — 90 000 рублей (впрочем, прижимистыми заставляла их быть Семилетняя война). Ломоносовский чертеж не сохранился. Начатое в конце столетия строительство новых академических зданий велось по проекту куда более скромному, чем ломоносовский.