Став в 1757 году сам членом Академической канцелярии, Ломоносов критику ее деятельности не прекращает. В январе 1758 года он пишет на имя президента представление «Об излишествах, замешательствах и недостатках в работе Академии», где всю вину за них возлагает именно на Канцелярию, которая «отягощена толь многими мелочьми, что отнюд не может иметь довольного времени думать о важном и самом главном деле, то есть о науках». Канцелярия превратила академические мастерские в фабрику по изготовлению различных штемпелей и печаток, прочего вздора («а особливо на продажу»). Выполняются мастерскими и крупные внеакадемические заказы, например, «делание математических инструментов на продажу». Придав коммерческое направление академическим службам, Канцелярия не оставляет им ни времени, ни материалов на производство необходимого исследовательского инструментария, что практически ведет к свертыванию экспериментальных программ: «...фабричное дело так усилилось, что профессоры, не имея надежды о произведении в дело их выдумок, совсем больше не радеют». Наконец, «торг заморскими книгами делает Академию биржею».
Это последнее слово точнее всего определяет то, во что Шумахер превращал одно из крупнейших ученых сообществ в Европе. Неудивительно, что глубокому внутреннему распаду Академии при нем соответствовала ее внешняя разобщенность («академические департаменты состоят в разделении», да и живут служители в разных местах). Неудивительно, что при биржевике «для умножения книг российских недостает станов, переводчиков, а больше всего, что нет Российского собрания», чтобы «исправлять грубые погрешности... худые употребления в языке». Неудивительно, что так плохи университет и гимназия.
В отличие от «Всенижайшего мнения» этот ломоносовский документ дошел по назначению. Ознакомившись с ним, К. Г. Разумовский поручил Ломоносову как члену Канцелярии «в особливое смотрение» Академическое и Историческое собрания, Географический департамент, а также университет и гимназию (последние, как мы помним, позже перешли в его «единственное смотрение»). Борьба за переустройство Академии отныне продолжается на самом высоком академическом уровне. Но возвышение Ломоносова отнюдь не означало, что бороться ему стало легче.
Он вполне отдавал себе отчет в этом. В предисловии к новой записке о необходимости преобразования Академии наук (1758–1759) есть такие проникновенные строки: «Сим предприятием побуждаю на себя без сомнения некоторых негодования, которых ко мне доброжелательство прежнее чувствительно, однако совесть и должность оного несравненно сильнее. Чем могу я перед правосудием извиниться? Оно уже заблаговременно мне предвещает и в сердце говорит, что, имея во многих науках знание, ведая других академий поведение, видя великий упадок и бедное состояние здешней Академии, многие недостатки и неисправности в Регламенте и бесполезную трату толикой казны е. в., не представлял по своей должности. Что ответствовать? Разве то, что я боялся руки сильных? Но я живота своего не жалеть в случае клятвою пред Богом обещался.
Итак, ежели сим истинной своей ревности не удовольствую и, может быть, себя опасности подвергну, однако присяжную должность исполню».
В этой записке Ломоносов по-прежнему корень всех академических бед видит в возвышении Канцелярии, а также в развале университета и гимназии (и в том и в другом случае конкретные виновники — И.-Д. Шумахер и Г. Н. Теплов): «Главные причины худого академического состояния две: первая — искание и получение правления Академическим корпусом от людей мало ученых, вторая — недоброхотство к учащимся россиянам в наставлении, содержании и в произведении».
Наряду с утверждением за Канцелярией «правления Академическим корпусом», в числе других важных недостатков академического штата 1747 года Ломоносов указывает на несовершенство принципов комплектования Академии научными кадрами, точнее — на их полное отсутствие, и приводит ряд выразительных примеров в пользу своего мнения. Автор Регламента и штата 1747 года Г. Н. Теплов, скажем, указал ректором университета быть академическому историографу, но не потому, что хотел придать образованию студентов историческое направление: «Ректором Университета положен историограф, то есть Миллер, затем что он тогда был старший профессор, и сочинитель был об нем великого мнения. И если б Миллер был юрист или стихотворец, то конечно, и в стате ректором был бы назначен юрист или стихотворец». Или вот такой пример: «Историографу придан переводчик китайского и манжурского языков, то есть Ларион Россохин. Однако если бы Россохин вместо китайского и манжурского языков знал, например, персидский и татарский, то бы конечно в стате положен был при историографе переводчик персидского и татарского языка».