Ломоносов практически сразу же по получении этого ордера приступил к работе над своими предложениями и к 10 сентября 1764 года закончил ее, представив документ под названием «Idea status et legum Academiae Petropolitanae» (Предположения об устройстве и уставе Петербургской Академии). Здесь изложен целый комплекс мер, но если упростить дробь, то все по-прежнему упиралось в Канцелярию, Уже седьмой год сам будучи советником ее, Ломоносов с постоянством римского сенатора твердит о необходимости разрушения этого бюрократического Карфагена для вящего процветания всего государства муз, «Канцелярия с самого начала состояла из людей полуобразованных (это, увы, утверждено уставом), которые распоряжались людьми ученейшими», — негодует Ломоносов.
«Знакомясь с образом действий других европейских академий, — продолжает он, — мы видим совсем иную картину. Там собрание академиков само себе судья. Никакой посторонний, полуобразованный посредник не допускается до разбора ученых споров. Приходя за получением просимого, не дожидаются у канцелярского порога разрешения войти. Профессоры не ждут выплаты жалованья и не вымаливают его у невежд, которые поглядывают на них свысока и пугают отказом. Их покоя не нарушают, наконец, сторонние дела, чуждые содружеству муз. Не очевидно ли, что Канцелярия не только не нужна Академии наук, но и отягощает ее, а потому должна быть изринута из подлинного дома науки. Вся власть и управление всеми частями должны быть переданы Профессорскому собранию, состоящему под председательством президента Академии... Беспорядочное расходование средств из академической кассы в нарушение академического устава и без малейшей справедливости служит яснейшим доказательством того, что о делах, не имеющих ничего общего с музами, Канцелярия заботилась больше, чем о прямой пользе муз».
По ходу работы Ломоносова над «Предположениями» с ними ознакомились академики И.-Э. Фишер и С. К. Котельников и сделали ряд замечаний. Собственно, замечания принадлежали Фишеру, а Котельников только поставил под ними свою подпись. Некоторые из них Ломоносов принял безоговорочно, с некоторыми поспорил. Так, Фишер и Котельников насторожились, прочитав в ломоносовском тексте о Канцелярии: «...хотя позднее члены стали назначаться туда из числа академиков, однако к великому ущербу науки противная сторона оказывается все же сильнее». Рецензент (Фишер) пометил на полях: «Если одна сторона — Канцелярия, а другая — Академическая конференция, дело становится понятнее. Если таков именно смысл этих слов, то я охотно под ними подписываюсь». Все-таки Шумахер и Тауберт умели обрабатывать ученые головы! Фишер, в данном случае безусловно настроенный в пользу ломоносовской точки зрения на Канцелярию, побаивается: а вдруг Ломоносов, по своему обыкновению, «копает» под Тауберта? Ведь именно так мотивировали ломоносовскую непримиримость ко всем делам Канцелярии Шумахер и его зять Тауберт. Ломоносов все это понимает и в ответе на замечание пишет: «Напрасно укоряют меня в раздорах на почве личных счетов: они вызваны исполнением общественного долга и направлены на защиту всех ученых».
В другом месте Фишер испугался примера из опыта Берлинской академии, которая, «не имея королевских субсидий, содержит себя своими собственными трудами». Испугался, что русские вельможи, враждебные к Академии, могут настроить и Екатерину II против субсидий. Фишер написал: «Это пример совсем плохой». Ломоносов же, который был взыскателен не только к Канцелярии, но и к Академическому собранию (также привыкшему «не радеть» об общей пользе), считает, что и академиков побеспокоить не грех: «Пример надо подправить, но вовсе его исключать не следует».
Ломоносов как будто чувствовал, что времени у него не остается совсем и параллельно с «Предположениями» закончил проекты штата и Регламента Академии наук (в марте 1765 года). Тауберт только в мае 1765 года представил свои проекты, то есть уже месяц спустя после смерти Ломоносова.