Перечислив преступления Канцелярии против отечественной науки по шестидесяти четырем пунктам, Ломоносов приходит к выводу, что абсолютно никакой необходимости в создании этого административного органа с поистине всеобъемлющими полномочиями не было с самого начала и что абсолютно никакой пользы Академии Канцелярия не принесла. Когда первый президент Л. Л. Блюментрост поставил Шумахера хранителем и распорядителем денежных сумм Академии, он тем самым дал в руки советнику Канцелярии «способ принуждать профессоров удержанием жалованья или приласкать прибавкою оного». И совершилось нечто невероятное: человек, далекий от науки, легко и просто сделался значимым лицом среди высокоученых мужей, более того, всегда держал их на финансовом поводке. Благодаря этому обстоятельству более тридцати лет он, а потом его зять и преемник Тауберт помыкали академиками, «не рассуждая их знания и достоинств, но токмо смотря, кто ему больше благосклонен пли надобен». Далее, он «всевал между ними вражды, вооружая особливо молодших на старших и представляя их президентам беспокойными». Он скупился на научные исследования, лабораторное оборудование, учебники, «а деньги тратил по большой части по своим прихотям, стараясь завести при Академии разные фабрики и раздаривать казенные вещи в подарки, а особливо пользоваться для себя беспрестанными подрядами, покупками и выписыванием разных материалов из-за моря». Наконец, он «всячески старался препятствовать, чтобы не вошли в знатность ученые, а особливо природные россияне».
Уже в первое десятилетие Академии стали явственны зловещие последствия зловещей активности Шумахера: «Сие было причиною многих приватных утеснений, кои одне довольны уже возбудить негодование на канцелярские поступки, ибо не можно без досады и сожаления представить самых первых профессоров Германа, Бернулиев и других, во всей Европе славных, кои только великим именем Петровым подвиглись выехать в Россию для просвещения его народа, но, Шумахером вытеснены, отъехали, утирая слезы». Но их отъезд почти совпал по времени с возвращением из Германии Ломоносова, и началась ежедневная (!), не затихающая борьба не на живот, а на смерть. Начались «нападки на Ломоносова, который Шумахеру и Тауберту есть сугубый камень претыкания, будучи человек, наукам преданный, с успехами и притом природный россиянин, ибо кроме того, что не допускали его до химической практики, хотели потом отнять химическую профессию и определить к переводам, препятствовали в издании сочинений, отняли построенную его рачением Химическую лабораторию и готовую квартеру, наущали на него разных профессоров, а особливо Епинуса, препятствовали в произвождении его..., препятствовали в учреждении Университета, в отправлении географических экспедиций, в сочинении «Российского Атласа» и в копировании государских персон по городам». Интересно, что Ломоносов перечислил здесь далеко не все нападки на него со стороны Шумахера и Тауберта. «Собрать все эти гадкие, колкие факты и фактики очень трудно, — пишет современный автор, — они рассыпаны и растворены в жизни великого ученого, как ядовитые соли. В истории русской науки были люди замечательные, которых современники в должной мере не оценили. Есть и такие, которые подвергались серьезным нападкам и гонениям. Но мало кого из больших ученых так последовательно и планомерно травили многие годы, как Ломоносова». Травля эта продолжалась почти четверть века, с июня 1741 года по апрель 1765 года, без сколько-нибудь ощутимых перерывов, а к концу достигла такой стадии, когда он, по его собственным словам, был «принужден беспрестанно обороняться от недоброжелательных происков и претерпевать нападения почти даже до самого конечного своего опровержения и истребления».