Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Геномные профили более сложных фенотипов, таких как термофили или устойчивость к радиации, оказались намного более неуловимыми. Возможно, наиболее настойчивые попытки были посвящены поиску сигналов термофильной адаптации. Примечательно, что был обнаружен один ген, присутствующий во всех секвенированных геномах гипертермофилов, но полностью отсутствующий у мезофилов, и продукт этого гена — белок, абсолютно необходимый для репликации ДНК при экстремально высоких температурах, обратная гираза (Forterre, 2002). Кроме того, геном умеренного термофила Thermus thermophilus (штамм HB27) содержит псевдоген обратной гиразы, в то время как близкородственный ему штамм HB8 содержит работоспособный ген обратной гиразы, что демонстрирует процесс избавления от обратной гиразы после вероятного перехода от гипертермофильного к умеренно термофильному стилю жизни (Omelchenko et al., 2005). Однако поиск других генов, специфичных для термофилов, принес ограниченные результаты. Иных генов, кроме обратной гиразы, показывающих явную корреляцию их присутствия-отсутствия с (гипер) термофильностью, обнаружено не было; для гипертермофильных архей и бактерий нашлось лишь несколько генов, которые существенно чаще присутствовали в их геномах по сравнению с геномами мезофилов (Makarova et al., 2003). Кроме того, было предпринято много попыток определить характерные признаки фенотипа термофилов на уровне нуклеотидных и белковых последовательностей и структур. Хотя эти исследования выявили несколько признаков, потенциально характерных для белков термофилов, таких как высокая плотность заряда и большее, чем обычно, представительство дисульфидных мостиков, реальная значимость каждого из этих признаков остается неопределенной (Beeby et al., 2005). На филогенетических деревьях высококонсервативных генов (см. гл. 6) термофилы часто группируются в одном кластере с мезофилами — так, белки бактерии Thermus группируются вместе с их гомологами из мезофильной бактерии Deinococcus (вспомните, например, известную полимеразу Taq, незаменимое орудие генной инженерии). Эти факты показывают, что общая эволюционная история оказывает намного более сильное влияние на белковые последовательности, чем термофильные (и другие) адаптации. Итоговый вывод подобных исследований заключается в том, что сравнительная геномика до сих пор не в состоянии выявить «секреты» (гипер)термофильного стиля жизни. (Интуитивно можно было бы подозревать, что должна быть существенная разница между геномами, кодирующими организмы с оптимальной температурой роста, превышающей 95 °C, и теми, для которых она составляет 37 °C.)