Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

История поиска особенностей геномов, коррелирующих с экстремальной устойчивостью к радиации и высыханию, может быть даже более показательна. Некоторые бактерии и археи, лучше всего из которых описана бактерия Deinococcus radiodurans, демонстрируют сопротивляемость экстремальному уровню радиации, что, как считается, является побочным эффектом их адаптации к высыханию. Всесторонний анализ генома D. radiodurans напрямую не выявил никаких уникальных признаков генома или систем репарации ДНК, которые могли бы объяснить исключительную способность этих организмов переносить повреждения, вызываемые радиацией, хотя были идентифицированы гомологи белков растений, использующиеся для повышения сопротивляемости высыханию и в то же время не обнаруженные ни у каких других бактерий (Cox and Battista, 2005; Makarova et al., 2001a). Deinococcus radiodurans является популярной экспериментальной моделью, поэтому для описания реакции этой бактерии на высокие дозы облучения впоследствии были предприняты исследования процессов транскрипции и особенностей состава ее белков. Эти исследования возбудили определенный интерес, так как было зафиксировано существенное увеличение экспрессии некоторых экспериментально не исследованных генов, кодирующих белки с предсказанной ролью в процессах, потенциально связанных с радиационной устойчивостью, таких как репарация двойных разрывов в молекулах ДНК (Liu et al., 2003). Однако нокаут этих генов не повлиял на сопротивляемость радиации, в то время как нокаут нескольких других генов, которые не кодируют никаких известных доменов и не экспрессируются на повышенном уровне при облучении, делал организм чувствительным к радиации (Blasius et al., 2008; Cox and Battista, 2005; Makarova et al., 2007a). Сравнительный анализ двух родственных устойчивых к радиации бактерий D. radiodurans и D. geothermalis не только не смог разрешить проблему геномных особенностей, определяющих устойчивость к радиации, но даже еще более запутал ее (Makarova et al., 2007a). Никаких генов, имеющих явное отношение к сопротивляемости радиации, которые бы были уникальными для этих устойчивых бактерий, открыто не было. Более того, ортологи многих генов D. radiodurans, экспрессия которых усиливается в условиях повышенной радиации, попросту отсутствуют у D. geothermalis. Тщательное сравнение структуры оперонов и предполагаемых регуляторных областей в двух геномах Deinococcus позволило предсказать регулон, ответственный за устойчивость к радиации (Makarova et al., 2007a). Однако роль большинства генов, составляющих этот предсказанный регулон, в обеспечении устойчивости к радиации и высыханию остается невыясненной. Главные свойства генома, определяющие устойчивость к радиации, по-прежнему неуловимы, и растет количество свидетельств, демонстрирующих, что важная роль при этом принадлежит генам, которые повышают устойчивость неожиданными косвенными способами, такими как регулирование внутриклеточной концентрации двухвалентных катионов, оказывающих влияние на степень разрушения белков, вызванного облучением или высыханием (Daly, 2009).

Рис. 5-8. Неизоморфное, многозначное отображение геномного и функционального пространств.

Единственный вывод, который можно сделать в рамках текущего состояния дел по поводу связей между геномом и фенотипом у прокариот, заключается в том, что эти связи являются многогранными, и конкретные наборы генов, ответственных за формирование сложных фенотипов, идентифицировать непросто, несмотря на существование явных генов-сигнатур, связанных с определенными стилями жизни (такими как обратная гираза в случае гипертермофильности). Сложность соотношения геном — фенотип может быть представлена в виде неизоморфного многозначного отображения между геномным и функциональным пространствами прокариот (Koonin and Wolf, 2008b). Каждый ген плейотропен (связан с множеством функций), и каждая функция мультигенна (связана со многими генами; см. рис. 5-8). Мы пришли к этому важному выводу при анализе геномов прокариот, но, без сомнения, он отражает общее правило отсутствия детерминизма при отображении генотип—фенотип (см. гл. 13).

Археи и бактерии в свете сравнительной геномики: как же быть с прокариотами?