Тем временем, большевистское руководство послало в Москву победное послание. 2 сентября 1920 года Фрунзе телеграфировал Ленину: «Крепость Старая Бухара взята сегодня штурмом соединенными усилиями красных бухарских и наших частей. Пал последний оплот бухарского мракобесия и черносотенства. Над Регистаном победоносно развевается Красное Знамя мировой революции». Сразу после победы революционный комитет провозгласил Бухару «независимой Бухарской Советской Республикой». Однако очень скоро бухарские революционеры убедились, что с независимостью все не так просто. В Бухару был направлен верный ленинец В.В. Куйбышев, в качестве представителя РСФСР при правительстве Бухары и уполномоченного ЦК РКП (б) и Коминтерна при ЦК КП Бухары. Он вел «тонкую» политику, соблюдая внешнее уважение и признание суверенитета новой советской республики. Однако на деле Москва взяла бухарские дела под свой жесткий контроль. Вскоре были сформированы органы власти, куда вошли бухарские коммунисты и младобухарцы. Всебухарский революционный комитет возглавил сын бухарского богача, противника эмира Абдукадыр Мухиддинов, правительство – Файзулла Ходжаев (Файзулла Ходжа). В начале октября в Бухаре был собран Всебухарский курултай (съезд) народных представителей, на котором была провозглашена Бухарская Народная Советская Республика (БНСР).
Когда в начале сентября Красная Армия ворвалась в Бухару, то в городе не оказалось ни эмира, ни его золота. В городе ходили слухи, что по приказу эмира еще 31 августа из Гиждувана (35 км от Бухары) было увезено столько богатства, что его хватило бы на построение второй Бухары. Охранники казны эмира рассказали, что подручные эмира увезли на телегах большое количество золота и серебра в слитках, ювелирных украшениях, невиданной величины бриллианты, золотые пояса с драгоценными камнями, кораллы, жемчуга, редкие и красивые по оформлению религиозные книги, которыми была так богата Бухара.
Стало понятно, что караван не мог уйти далеко с таким огромным багажом. Командующий фронтом дал приказ летчикам найти беглецов. Один из летчиков эскадрилий обнаружил по дороге в Карши один из обозов эмира из 40 повозок, доверху загруженных мешками и ящиками, а также 20 груженных верблюда. Конный отряд в 1000 человек сопровождал обоз. По мнению командования, это мог быть только один из обозов. Вскоре красноармейцам удалось захватить три арбы с золотом. Погонщики подтвердили, что везут золото эмира, но куда доставить они не знали, так как не был указан конечный пункт назначения. Обоз должен был идти верблюжьими тропами вдали от больших дорог.
Михаилу Фрунзе стало ясно, что эмир решил через горные перевалы уйти в Афганистан, припрятав основную часть своей казны в каком-нибудь надежном месте. Он мог сделать это в Карши, Шахризябсе или Гузаре. Фрунзе бросил в погоню за эмиром лучшие свои части. Командующего особенно интересовал поселок Шахризябс, где проживали влиятельные родственники эмира, которым эмир мог доверить свои наличные средства. Действительно, эмир на день остановился в Шахризябсе и по информации местных жителей ушел в направлении Гузара. Адреса возможного складирования казны эмира установить было нетрудно и скоро сотрудники ЧК нашли большую часть сокровищ.
6 сентября 1920 года Фрунзе доносил В. Куйбышеву, начальнику Политуправления Туркестанского фронта (1888–1935): «В Шахризябсе взято огромное количество золота и других ценностей. Все это укладывается в сундучки, запечатывается и по соглашению с Ревкомом будет перевезено в самаркандский банк». (М.В. Фрунзе Избранные произведения. Т.1, Москва 1957 г., стр. 343). Видимо, в Шахризябсе была найдена основная часть сокровищ эмира. Остальную часть разворовали басмаческие отряды, которыми командовал Ибрагим-бек, назначенный эмиром главнокомандующим войск Бухары.
Сокровища эмира, попавшие к победителям, временно не были вывезены в Москву, а были оставлены в Ташкенте, под надзором Туркестанской республики. Из Ташкента через Оренбург, где к этому времени была ликвидирована «железнодорожная пробка», оно ушло в Москву. Такой ценой была создана Бухарская Народная Советская республика. Ревизия 1922 года зафиксировала следующие ценности: 705 сундуков и 904 мешка с 72 тоннами серебряных монет, 1 453 серебряных слитка и 42 серебряные пластины весом 6,6 тонн, 108 сундуков и ящиков с изделиями из серебра, 220 кг золота, 35 428 золотых монет по 5 рублей, 5 030 монет по 10 рублей, 1 382 старинные рублевые монеты, 10 037 бухарских золотых монет, «кроме того драгоценные камни, золотые бухарские орденские звезды и медали и ценные, украшенные бриллиантами и рубинами, отделанные эмалью золотые парадные сабли». Правда, уже в 1925 году местонахождение всего этого не прослеживается.