Безработные, голодающие, нищие, осиротевшие дети заполнили города и поселки. Люди, оставшиеся без крова, ютились в товарных вагонах. Тяжелое материальное положение довело людей до критической точки. В новых городах служащие и отдельные группы рабочих устраивали забастовки. Положение усугублялось засухой 1917 года в России. В Туркестанский край перестали завозить зерно. В конце 1917 года в крае начался голод, который продолжался до конца 1923 года. Голод принимал катастрофические размеры. Лишь в Кокандском и Маргиланском уездах за 1917–1923 годы от голода погибло полмиллиона человек. По всей Ферганской долине эта цифра составила 1 миллион. В Джизакском уезде Самаркандской области вымерло 70 % населения, а в самой области – 200 тысяч человек.
В меньшей степени голод коснулся только Бухарской и Хорезмской территории. Они оказывали Туркестану посильную экономическую помощь. В августе 1920 года продразверстка была введена на всей территории Туркестана. При этом в том же году объем вывозимого в Россию всех видов продовольствия увеличился в 4,5 раза. Часть продовольственных запасов Туркестана использовалась на фронтах Красной Армии в качестве горючего. В первой половине 1919 года только на Закаспийском фронте для этих целей было использовано 198 цистерн растительного масла. В топках паровозов на Туркестанской железной дороге было сожжено 53 цистерны растительного масла, тогда как для нужд населения было выделено всего 63 цистерны. На участках дорог, пролегавших возле Аральского моря, паровозы топились сушеной рыбой. Были попытки сжигать в паровозных топках и фураж. В качестве горючего использовали даже хлопковое волокно.
В сложных условиях первых лет советской власти активизировали свою деятельность басмаческие банды, которые появились на территории Средней Азии еще до того, как регион стал частью Российской империи. Но если в XIX веке это были небольшие разбойничьи шайки, то после Октябрьской революции басмачество приняло массовый характер. Слово «басмач» произошло от тюркского «басмак», что означает «совершать набег, налет». Известно, что в освоении Средней Азии центральная Москва проявляла нетерпимость к традиционному патриархальному укладу местной жизни, опиравшейся по большей части на ислам. Тем не менее советские историки отказывались считать одной из главных причин расцвета басмачества просчеты самих большевиков. С точки зрения коммунистических исследователей, басмачество стало результатом враждебной по отношению к Советам позиции главенствующего класса, в том числе духовенства, а также влияния Великобритании и белогвардейцев на обстановку в Средней Азии.
Отряды басмачей действовали особенно активно в Ферганской долине и прилегающей к ней высокогорных Алайской долине, в Сырдарьинской и Самаркандской областях. Крупные организованные вооруженные отряды представителей этого движения именовались в советских средствах массовой информации как басмачи́. По официальной версии, басмачество как организованная сила было ликвидировано по всей Средней Азии в 1931–1932 годы, хотя отдельные бои и столкновения продолжались вплоть до 1942 года. Известными руководителями басмачества в Ферганской долине являлись Ибрагим-бек, Муэтдин-бек и Мадамин-бек, в распоряжении которого находились отряды, численность которых достигала почти 30 тысяч человек. В оперативной сводке штаба РККА от 26 марта 1922 года указывалось, что против войск Туркестанского фронта действовало около 28 тысяч басмачей.
До осени 1920 года Бухарский эмир Сайид Алим-хан старался придерживаться строгого нейтралитета с большевиками, которые двумя декретами провозгласили независимость Бухары, и не помогал басмачам. Но 2 сентября 1920 года Бухара была оккупирована частями Красной армии, а сам эмират был низложен. Только после этого эмир присоединился к антибольшевистскому сопротивлению и вскоре навсегда эмигрировал в Афганистан.
Занятие Бухары привело к новой волне басмаческого движения, которое не успокаивалось многие годы. Основными силами басмачей на территории бывшего Бухарского эмирата руководил Ибрагим-бек, под командованием которого в отдельные периоды находилось свыше 4 тысяч бойцов по оценке современных иностранных источников, которому оказывали поддержку Сайид Алим-хан и правители приграничных районов Афганистана. Согласно материалам советской стороны, содействие отрядам Ибрагим-бека оказывали представители Великобритании в Афганистане, самого Ибрагим-бека в советских источниках часто называли «британским агентом».