Членом Революционного военного совета фронта стал старый знакомый по совместной службе в Южной группе Восточного фронта Валериан Владимирович Куйбышев. В штабе Туркестанского фронта появились известные военные начальники полковники и генералы Русской императорской армии, имевшие большой военный опыт после окончания Николаевской Академии генерального штаба. Это прежде всего это был А.А. Балтийский (1870–1938) – генерал-лейтенант старой армии, с августа 1919 по октябрь 1920 года начальник штаба Туркестанского фронта, а далее главный специалист в Главкоме вооруженных сил Республики. Ф.Ф. Новицкий (1870–1944) – генерал-майор работал в штабе М.В. Фрунзе и являлся его заместителем до конца 1919 года. Полковник А.К. Андерс с мая 1919 по январь 1920 годов был начальник штаба 4-й армии Восточного фронта, а с середины марта почти два месяца – начальник штаба Туркестанского фронта.
Отдельно необходимо остановиться на деятельности начальника генерального штаба фронта в период взятия Бухары, которым был назначен Петр Васильевич Благовещенский (1866–1936) – русский и советский военачальник, полковник российской императорской армии с 1915 года, окончивший Оренбургский Неплюевский кадетский корпус, выдержавший экзамен на офицерский чин при штабе Туркестанского ВО и получивший образование в Николаевской академии Генерального штаба в 1899 году. Вся военная карьера будущего царского офицера проходила в Туркестанском армейском корпусе.
В 1918–1919 годах П.В. Благовещенский работал в Комиссариате по военным делам Туркестанской республики. В ноябре 1919 – начальник Главного штаба Туркестанской республики. В ноябре 1919 года по апрель 1920 года – начальник штаба Туркестанских войск; с сентября 1920 года – врид начальника штаба Туркестанского фронта. Именно Благовещенский разрабатывал планы операций в Бухаре и участвовал в их проведении. С конца 1920 года – заместитель нового командующего Туркестанским фронтом Г.Я.Сокольникова. До 1923 работал в штабе Туркестанского фронта, затем в отставке.
С момента назначения командующим для улучшения состояния войск М. В. Фрунзе провел в Туркестане мобилизацию местного населения призывного возраста. В результате было получено более 25 тысяч пополнения. Правда, на профессиональную подготовку не было времени. Слабо подготовленных бойцов, которые плохо владели русским языков, поспешно вооружили и поставили в состав действующих частей. К этому времени Фергана стала центром движения басмачей. Причин тому было множество. До Октябрьского переворота Туркестан был процветающей окраиной, приносил богатства и прибыль России, торговал со всем миром, но после прихода Красных пришел в упадок.
По данным официальной статистики в 1914 году в Туркестане насчитывалось 7,3 миллиона человек, в том числе в Ферганской области мусульмане составляли 98,3 %, в Самаркандской области 96,1 %, в Сырдарьинской области 92,8 %, в Семиреченской области 91,4 %. Советские историки, со своей стороны, обычно указывали, что в 1913 г. общая численность населения Туркестана (без Бухарского эмирата и Хивинского ханства) составляла 9,5 миллионов человек, из них тюрки 88,4 %, таджики 6,9 %, русские 3,7 % (Гафурова К.А. Борьба за интернациональное сплочение трудящихся Средней Азии и Казахстана. М., 1972). При этом считалось, что узбеки составляли 39,2 % населения Туркестана, казахи 19,5 %, киргизы 13,5 %, русские 9,1 %, таджики 7,3 %, туркмены 4,9 %, каракалпаки 1,3 %, уйгуры 1 % и др. (Шамсутдинов Р.Т. Советы и образование национальных республик Средней Азии (1917–1925 гг.). Вопросы истории. 1986), иначе говоря, тюркское население составляло около 80 %, из них узбеки почти половину.
15 июня 1918 года была образована краевая продовольственная директория, перед которой стояла задача обеспечения продовольствием красноармейцев и городского населения. 4 июня 1919 году в Туркестане была введена продовольственная диктатура и приняты декреты «О зерновой монополии», «О классовом хлебном пайке». Политика «военного коммунизма» нарушила нормальные хозяйственные связи в Туркестане, свела на нет принцип материальной заинтересованности. Хозяйственная разруха, поборы дехкан (перс. землевладелец, крестьянин в Туркменистане) продотрядами лишили их возможности покупать необходимые продукты. Возникли проблемы покупки соли, керосина, мыла, хлопкового масла. Ткани, простые галоши и даже спички исчезли с прилавков магазинов. В кишлаках люди отыскивали ручные станки и ткали грубые хлопчатобумажные ткани, чтобы не ходить в лохмотьях.