В двадцатых числах февраля 1922 года, пользуясь малочисленностью советских войск, Энвер принял решение развернуть наступление на Бухару через Байсун и Шахрисабз. В Сурхандарьинский район был двинут отряд во главе с Данияром. В окрестностях Бухары действовал Абдул Кахар. Восстания вспыхнули и в Самаркандской области (Ачил, Хамракул). Таким образом, весной 1922 года был создан почти общий фронт борьбы против Советской власти от Самарканда и Ферганы до Восточной Бухары. Учитывая серьезную опасность, вызванную восстанием под руководством Энвера-паши, общее руководство по стабилизации обстановки в Средней Азии взяло на себя Политбюро партии российских коммунистов. В феврале 1922 года Бухарская компартия была включена в состав РКП (б). Теперь Москва могла напрямую руководить не только ликвидацией Энвера, но и самой Бухарой. Действия советского военного командования в Бухаре освобождались от какого-либо влияния или контроля со стороны бухарского правительства. В апреле в Среднюю Азию был послан видный большевик С. Орджоникидзе. Он осудил тактику компромиссов и соглашений с повстанцами, проводившуюся в 1921 году и предложил ввести в Бухару «достаточное количество войск, чтобы начать решительную и систематическую борьбу» и покончить со сторонниками Энвера. Репрессиям подвергались бывшие эмирские чиновники, члены сановных семей. Одновременно с этим, были приняты меры по улучшению экономического и финансового положения Бухары. По всей стране под руководством Коммунистической партии развернулась энергичная агитационная кампания, разоблачающая «авантюру Энвера – ставленника империалистов Антанты».
Фергана – жемчужина Средней Азии представляла в ту пору страшную картину. Военные действия и налеты басмачей опустошили цветущую долину. Повсюду виднелись разрушенные кишлаки и руины хлопковых заводов. Более 100 тысяч хозяйств лишились лошадей, скота, жилищ. Многие водозаборные сооружения были разрушены, а ирригационная сеть запущена. По состоянию на 1 мая 1922 года в Ферганской области из 180 хлопкоочистительных заводов считались действующими всего 4. Из 18 маслозаводов не работал ни один. По данным следующего года посевы сельскохозяйственных культур в долине сократились на 75 %, а посевы хлопчатника – в 10 раз.
Располагая сведениями о неблагополучии в руководстве борьбой с басмачеством, Центральный Комитет партии создал комиссию для налаживания дела во главе с Главнокомандующим всеми вооруженными силами республики С.С. Каменевым. 24 мая 1923 года Комиссия прибыла в Ташкент 24 мая 1923 года. Именно Каменеву принадлежит основная роль в окончательной победе над басмачеством.
А через шесть дней в Коканде под председательством Каменева состоялось совещание по борьбе с басмачеством. Главком подробно охарактеризовал задачи, стоящие перед советскими войсками в Фергане. С целью быстрейшей ликвидации басмачества в главном очаге бандитизма – Андижанском уезде – был создан реввоенсовет города Андижана в составе командующего и членом РВС войск Ферганской области А.И. Тодорского, начальника Особого отдела Туркестанского фронта Шленова и председателя Ферганского областного ревкома Ф.Г. Ходжаева. Вскоре последовало специальное постановление «О ликвидации ферганского басмачества» и о создании РВС Андижана.
Главнокомандующий С.С. Каменев, ознакомившийся с состоянием Ферганской группы войск, немедленно опубликовал брошюру-наставление «Система борьбы с басмачеством». В этом документе освещались войсковые приемы борьбы с противником и вопросы закрепления в освобожденных районах. Сделанные им выводы в наставлении были положены в основу деятельности командования войск Ферганской области. Для подготовки к наступлению территория Ферганской области была разбита на боевые районы. В каждом из них создавались летучие истребительные отряды. Их главной целью являлось обезвреживать в первую очередь курбашей – главарей банд. В инструкции для командиров истребительных отрядов отмечалось, что важнейшие качества успешной их деятельности составляют легкость передвижения, умение свободно ориентироваться, отсутствие обоза и беспрерывность преследования противника.
Кроме того, перед войсками ставилась задача не только преследовать басмаческие шайки, но и охранять жизнь дехкан, их жилища, плоды их труда, т. е. показывать мирному населению те преимущества, которые несет с собою Красная Армия. Главный замысел предстоящей операции был чрезвычайно прост. С целью пресечения возможного выхода бандитов за границу, блокировать силами стрелковых подразделений горные перевалы, а действия активных кавалерийских частей организовать так, чтобы отбросить басмачей к вечным ледникам и снежным вершинам Алайского хребта.