Опыт боевых действий против басмачей С.С. Каменев обобщил в своей брошюре «Система борьбы с басмачеством», находящейся ныне в архиве Советской Армии. Сейчас основные положения сборника указаний по борьбе с басмачеством являются неотъемлемой частью теоретической подготовки антитеррористических подразделений во всем мире. Это произошло потому, что тактика террористических групп за прошедшие почти 100 лет нисколько не изменилась. Система Сергея Каменева значительно обогатила не только советскую, но и мировую военную мысль. Рассказывают, что бывший министр обороны США Роберт Макнамара прочел положения Каменева уже после Вьетнамской войны и сильно огорчился от того, что эта книга не попала к нему раньше. Кто знает, в чью пользу закончилась бы тогда война во Вьетнаме. Сегодня курс «Теория контрпартизанской борьбы» (практически, все по Каменеву) преподается во многих специальных военных учебных заведениях. Сергей Сергеевич оставил после себя и великолепную книгу воспоминаний: «Записки о гражданской войне и военном строительстве». За помощь хорезмскому трудовому народу в его борьбе за освобождение главком Каменев был награжден военным красным орденом Хорезмской Республики и орденом Красной Звезды 1-й степени. Напряженная работа главкома почти в течение пяти лет без отпуска, также жаркий климат Средней Азии, где он пробыл почти три месяца, губительно отразились на его здоровье. Жена Варвара Федоровна, сопровождающая Сергея Сергеевича во всех поездках в качестве медсестры, обнаружила признаки тропической малярии. В Москву главкома привезли без сознания. Врачи целый месяц боролись за его жизнь.
Сергей Сергеевич Каменев умер в 1936 году в возрасте 55 лет в результате сердечного приступа. Ему повезло, что это произошло до начала Большого террора и он не прошел через клевету, унижения и предательство товарищей. Урна с прахом Каменева была захоронена в Кремлевской стене. Но это не помешало тому, что посмертно Каменев был причислен к «врагам народа». Его имя и труды на многие десятилетия оказались преданы забвению. Впоследствии имя Каменева было реабилитировано. Тем не менее, его вклад в историю Гражданской войны до сих пор остается недостаточно изученным.
К июню 1922 года Бухарская группа войск Красной Армии закончила подготовку к военным операциям против отрядов басмачей и соединений Энвера-паши. Под командованием главнокомандующего войсками РСФСР, бывшим полковником царской армии С. С. Каменевым планировалось вести наступление по двум направлениям. Северная колонна под командованием Якова Мелькумова должна была двигаться от Бойсуна на Денау – Гиссар – Душанбе – Кафирниган – Файзабад, а южная колонна, которой командовал Богданов, от Шерабада и Термеза на Кобадиан – Курган-Тюбе – Куляб – Балджувон. Она должна была отрезать войско Энвера от афганской границы, не дав ему возможности уйти за рубеж. Кроме того, южная колонна предназначалась для пресечения возможного афганского военного вмешательства.
15 июня части Красной Армии перешли в наступление и нанесли удар по отрядам Энвера одновременно под Бойсуном и Кобадианом. После тяжелых боев повстанцы отошли на восток, потеряв 400 человек убитыми. Одной из причин их поражения было неумение партизан драться общим фронтом по армейским правилам. Поражение усилило раскол между курбаши (командирами крупных соединений). На следующий день Энвер-паша предпринял контрнаступление в районе Миршади, но оно провалилось. Теперь красные заняли Денау, Юрчи, Сари Ассию и остановились, чтобы дать возможность южной колонне войск продвинуться вперед и занять переправы через границу.
За несколько недель боевых действий басмачи понесли значительные потери. Было убито или захвачено в плен свыше 30 курбашей (предводителей басмачества), 450 бандитов и их пособников. У басмачей отобрали сотни винтовок и револьверов, тысячи патронов. Небольшие отряды басмачей предпочитали укрываться высоко в горах или в камышах рек и тому подобных местах, избегая столкновений с Красной Армией.
Используя остановку советских войск, Энвер подтянул свои силы и начал бой с частями Красной Армии. Однако, сильным ударом войска Энвера были отброшены на восток. После ряда новых поражений Энвер, собрав остатки войск, лично руководя боями, безуспешно пытался задержать продвижение советских войск на линии Регар – Каратаг. В первых числах июля красные заняли Регар и Каратаг. Это поражение, а также внутренний разброд и оппозиция со стороны Ибрагим-бека побудили Энвера подготовить возможные пути отхода в Афганистан, но его попытки добиться помощи от соседа оказались безуспешными.