C. В. Ковалевская не только не имела возможности применить на родине свои научные знания и способности, она не могла даже использовать в России диплом, дававший мужчине право быть помощником профессора в каком-угодно высшем учебном заведении или преподавателем математики в старших классах любой средней школы. Женщине, которая, по отзывам самых отсталых в политическом отношении специалистов, была равна по меньшей мере среднему профессору-мужчине, разрешалось тогда преподавать одну только начальную арифметику девочкам 8—11 лет. А начальную арифметику, как печально иронизировала Ковалевская, она и сама плохо знала.
Софья Васильевна увлеклась ролью «светской» женщины и стремилась занять место в рядах либерального петербургского общества, составлявшего смесь из представителей различных имущих классов. Владимиру Онуфриевичу снова пришлось взяться за издательские дела. В этих издательских делах был корень всех бед В. О. Ковалевского. Выпуская в начале 60-х годов книги по дарвинизму и другим отраслям естествознания исключительно в целях пропаганды материализма, Владимир Онуфриевич скоро запутался в разных торговых операциях. Тяжело и неумело нагруженный издательский воз тянул хозяина за собой. Дело расширялось. Ковалевский издавал «Воспоминания» И. И. Панаева в расчете на прибыльность книги о литературном движении эпохи Белинского, а книга лежала на складе; печатал роман А. И. Герцена «Кто виноват», обязавшись уплатить автору гонорар и не учтя того, что цензура может отправить весь тираж на костер; затевал выпуск многотомной иллюстрированной «Жизни животных» Брэма, требовавший больших предварительных затрат, выручал своими деньгами других идейных издателей-шестидесятников. Все это велось, как признавал Владимир Онуфриевич в одном из последних писем к брату, «без одной счетной книги и какой-нибудь правильной записи». И это привело его к разорению.
В таких условиях Ковалевскому пришлось устраивать свою семейную жизнь на широкую ногу, чтобы дать Софье Васильевне: возможность блистать среди столичной интеллигенции. Ковалевские ездили на вечера, принимали у себя гостей, тянулись не по средствам. Надо было также готовиться к новому магистерскому экзамену, на этот раз в Петербурге. Но и здесь дело Ковалевского зависело от людей в футлярах, смотревших на занятие наукой, как на чиновничью службу, больше всего дороживших мелочами своей специальности. В Петербурге Владимир, Онуфриевич также встретился с вопросом о «домашних кандидатах». К «чужаку» в лучшем случае относились безучастно и холодно равнодушно, но чаще всего проявлялось недоброжелательство. Особенно возмущало ученых чиновников то, что «юрист» Ковалевский претендует на звание ученого палеонтолога.
Сунулся была Ковалевский в Москву — там не легче. Одна польза от этой поездки, что «разогнал разные ненужные надежды». Убедился, что освобождающаяся в Москве кафедра геологии предназначена «круглому дураку», «пять лет пилившему какие-то кораллы и ничего не выпилившему», но зато умело прислуживавшемуся к старому профессору. Вернувшись в Петербург, Владимир Онуфриевич приступил в начале ноября к экзамену, который, наконец, удалось сдать благополучно. Вслед за тем, 9 марта 1875 года, В. О. Ковалевский защитил в Петербурге магистерскую диссертацию.
Теперь можно было получить кафедру в отечественном университете и с теми или иными огорчениями и неприятностями заниматься наукой. Кстати представился случай занять кафедру в Киеве. Но тотчас же появились доводы против этого, из них «главный — для Софы будет уж слишком убийственно».
В Петербурге были завязаны хорошие знакомства, устраивались интересные вечера. Об одном из них, состоявшемся у Ковалевских, читаем в письме Владимира Онуфриевича: «Сегодня вечером были Ерофеев (геолог) и Менделеев (знаменитый химик), а также Лермонтовы. Менделеев дрался с Софою из-за математики и значения ее до полуночи; он очень милый и, конечно, самый живой человек здесь; конечно мил он, пока дружен, но я думаю, что в своих ненавистях он должен быть беспощаден и иметь его своим противником должно быть очень солоно».
Другой вечер с петербургскими знаменитостями был у Менделеева. «В среду мы были приглашены на большой вечер к Менделееву и познакомились там со всеми как математиками, так и нематематиками; было очень весело, много ссорились и кричали, и Софа спорила до часу ночи с Чебышевым (математик), Гадолиным (минералог) и др., а я с Бутлеровым (химик). Вообще ко мне начинают привыкать» а то они вообразили по «пашквилю» (брошюра об одесском провале), что я ругатель и дикий нигилист… Менделеев был образцовым хозяином, хлопотал об нас ужасно, приезжал к нам и т. д.».