Здесь Владимир Онуфриевич сильно преуменьшил научное значение, своих идей. Через 57 лет после этого письма академик А. А. Борисяк, исследовавший вопрос о месте Ковалевского в истории палеонтологии, поставил его рядом с величайшими мировыми учеными: «С именем Кювье, — говорит ученый специалист, — связано основание палеонтологии. С именем Ковалевского— ее современное эволюционное направление. Те пятьдесят лет, которые отделяют нас от работы Ковалевского, ознаменовались колоссальным успехом палеонтологии на ее новом пути. Огромные вновь собранные материалы значительно пополнили пробелы палеонтологической летописи; в области палеонтологической мысли они вызвали новые течения и направления. Основа этих успехов заложена в классических работах Ковалевского, и его метод исследования и посейчас остается нашим руководящим методом».
Наряду с палеонтологией млекопитающих Ковалевский занимался также начатыми ранее геологическими работами. «С такою же проницательностью, как в палеонтологии, — пишет академик Борисяк, — он и здесь намечает важнейшие для его времени, наиболее животрепещущие темы. В этом сказывается крупный мастер. В палеонтологии его работы положили начало новой эпохе. В области геологии он успел очень мало сделать; но он ясно видел значение намечаемых работ и неоднократно указывал в своих письмах, какой переворот они должны произвести в науке. Такие слова звучали бы непростительной заносчивостью на языке рядового научного работника; но им (если отвлечься от несколько резкого, обычного для его писем стиля) они могли произноситься с полным правом».
В марте 1872 года Владимир Онуфриевич приступил к докторским экзаменам в Иене и после блестящей сдачи их защитил диссертацию. Немецкие ученые оценили эти «поистине поразительные» результаты работ Ковалевского и предлагали ему профессуру в одном из германских университетов.
Но Владимир Онуфриевич стремился к получению кафедры в России. Для этого требовалось прежде всего сдать магистерские экзамены и защитить диссертацию в каком-нибудь русском университете. «Теперь надо думать о магистре, — пишет он брату немедленно после иенских экзаменов, — и сделать его непременно осенью в Одессе! или где-нибудь, где есть знакомые, чтобы уж не готовиться вновь». На Одессу Владимир Онуфриевич надеется потому, что там, при содействии И. И. Мечникова, недавно избран на кафедру геологии Н. А. Головкинский, который, конечно, на магистерском экзамене не будет придираться к мелочным формальностям.
Встретившись с Владимиром Онуфриевичем в Лондоне, И. М. Сеченов несколько разочаровал Ковалевского относительно того, что его примут в отечественных университетах с распростертыми объятиями. Сеченов объяснил ему, что для царского правительства лучше иметь покладистых чиновников на кафедрах, чем людей, увлекающихся политическим радикализмом, хотя бы они и являлись светилами науки. Кроме того, сами эти чиновники постараются не допустить в свою среду чужака: в русских университетах сильны кумовство и непотизм.
Ковалевский рассчитывал держать экзамен в Одессе у Н. А. Головкинского. Второго профессора геологии в Одесском университете, И. Ф. Синцова, он ни во что не ставил, так как работы последнего считал студенческими, «чисто описательными, крайне поверхностными». Отзывы эти дошли до Синцова и сильно раздражали его. Тщетно просил А. О. Ковалевский брата быть осторожнее. Владимир Онуфриевич отвечал, что он не боится свободно выражать свое мнение о работе Синцова и «ничем другим, кроме вздора, ее назвать» не может: «ни слова разумного там нет».
Конечно, Синцов не мог простить Владимиру Онуфриевичу его резких отзывов. Между тем Ковалевский приехал в Одессу в конце 1872 года, когда Головкинский был в заграничной научной командировке, приехал, не дождавшись выхода из печати своих глубоко-научных работ, и пошел на экзамен к Синцову. Последний воспользовался случаем показать факультету, что дискредитировавший его ракушечные обзоры иенский доктор сам ничего не смыслит в избранной им науке, и разными экзаменационными трюками пытался сбить Ковалевского. И хотя ухищрения Синцова были безуспешны, Хотя факультет признал ответы Владимира Онуфриевича удовлетворительными, Ковалевский напортил себе своей горячностью. Он поддался провокации Синцова, сам потребовал контрольного экзамена, и на этот раз экзаменатору удалось подвести его посредством каверзных, совершенно несущественных вопросов.