Гарнизон крепости к началу осады насчитывал более 50 тысяч нижних чинов и около 1000 офицеров. Сюда входили 9 стрелковых полков (4-й и 7-й дивизий), 3 запасных батальона и несколько отдельных рот, то есть около 30 тысяч нижних чинов и 400 офицеров. В крепостной артиллерии, отдельных бригадах, дивизионах, инженерных войсках служило еще 7500 солдат и 150 офицеров. В различных штабах и учреждениях числилось еще 4000 нижних чинов и 100 офицеров. Личный состав эскадры и Квантунского экипажа превышал 10 тысяч человек.
Конечно, такой гарнизон был недостаточен для обороны более чем 30-верстного сухопутного фронта, приморских позиций и морских коммуникаций, да и он был слабо подготовлен к длительной осаде.
На сухопутном фронте имелось мало укреплений долговременного типа. Располагались они в одну линию, что не гарантировало от прямого поражения артиллерией противника жизненно важных пунктов крепости. Большинство фортов и укреплений оставались недостаточно замаскированными, в тактическом отношении располагались неправильно.
В крепости не было дорог для своевременного маневра войсками и артиллерией, да и сам подвижный артиллерийский резерв, по сути дела, отсутствовал.
Особенно плохо дело обстояло с управлением. Телефонная связь, проложенная в основном по поверхности, была легко уязвима, привязных аэростатов наблюдения не было. Все управление осуществлялось в основном через связных.
Многое было не доделано. И все-таки к началу осады крепость была сильна. Сильна тем, что за короткий срок на голом месте возникла достаточно укрепленная линия обороны. Сильна прежде всего своими людьми — солдатами и офицерами, моральный дух армии даже после первых неудач был очень высок. Портартурцы — в основной своей массе кадровые солдаты и матросы в возрасте до 30 лет — прошли хорошую военную подготовку, отличались крепким здоровьем, выносливостью, были обстреляны и не боялись врага. Многие из них не только принимали участие в боях, но уже почувствовали сладость победы над врагом, знали, что японца можно бить.
Все это, вместе взятое, стало для вновь назначенного начальника сухопутной обороны крепости генерала Кондратенко определяющим в его дальнейшей деятельности. Только безусловная уверенность в своих силах, четкая организация и искоренение каких бы то ни было пораженческих настроений могли спасти крепость. С этого времени и стала крылатой в среде портартурцев его любимая фраза: «Гарнизон крепости не сдается, но погибает вместе с ней…», которую Роман Исидорович неустанно повторял всем и везде: офицерам своего штаба, солдатам в окопах, морякам в порту…
Крепость готовилась к отпору. Кондратенко вновь окунулся в организационную лихорадку. Предстояло выдержать серьезный бой при утверждении новой организации сухопутной обороны крепости. В принципе согласный с новой схемой, Роман Исидорович добивался самостоятельности в решении вопросов сухопутной обороны. Вся она делилась на два фронта — приморский и сухопутный. Сухопутный подразделялся на две части. Первая часть обороны включала территорию от Крестовой горы до форта № 5 и заканчивалась редутом Белый волк. Не без труда, преодолевая яростное сопротивление Фока, назначенного командиром общего резерва, добился Роман Исидорович утверждения начальниками первой и второй частей обороны своих подчиненных. Эти должности заняли командиры бригад 7-й дивизии генерал-майоры Горбатовский и Цершщкий.
На фронте установилось относительное спокойствие. Изредка крепостная артиллерия обстреливала вражеские позиции, да охотничьи команды вели постоянную разведку. Затишье позволило Кондратенко вывести войска на позиции согласно повой диспозиции быстро и организованно. На правом участке передовых позиций, у гор Дагушань и Сяогушань, сосредоточилось 12 рот с 8 орудиями. В центре, у Угловых гор, 20 рот, 4 охотничьи команды и 18 орудий. Основные силы были выведены на крепостные верки первой части обороны — 50 рот с 30 орудиями и второй части — 36 рот с 16 орудиями. В резерве у Фока остались 2 полка 4-й дивизии, сотня казаков и 24 орудия.