В черте города на каждом шагу встречались парные гражданские патрули. Еще после Цзинчжоу из мужского населения Порт-Артура, способного носить оружие, сформировали три дружины по пятьсот человек каждая. Вооруженные винтовками и прошедшие краткий курс обучения, дружинники несли вспомогательную службу. Особой сплоченностью отличалась первая дружина, состоящая из портовых рабочих. Они, помимо работы в порту и на кораблях, несли патрульную службу в порту. Два батальона дружинников работали на строительстве оборонительных сооружений. Помнил Роман Исидорович и то, как долго пришлось убеждать Стесселя подписать приказ о формировании летучей почты из 60 гражданских лиц и 10 солдат. Позднее они будут просто незаменимы.
Наступали тяжелые времена осады. Форты и укрепления держали экзамен на прочность. Не все было сделано, как надо, подготовлено к обороне, но при сложившихся условиях вряд ли кто, кроме Кондратенко, мог сделать больше. Сам Роман Исидорович не задумывался о своей роли в той огромной работе, которую проделали за несколько месяцев солдаты, матросы, офицеры, гражданское население крепости, но все защитники Порт-Артура считали именно его вдохновителем всего положительного, что успели сделать.
Много позднее это общее мнение выразит один из артурцев, Я. У. Шишко, который в своих воспоминаниях запишет:
«… то, что не было сделано за семь лет, Кондратенко, насколько это было возможно, создал в несколько месяцев. Его мыслями, его трудами, его настойчивостью явились целые укрепления там, где не предполагалось ничего строить, как, например, на горах Угловой, Высокой, Длинной и прочих, на которые впоследствии противник вел настойчивее всего свои штурмы… под которыми он положил десятки тысяч жертв, чтобы взять их».
В те июньские дни Кондратенко понял, что ему как начальнику сухопутной обороны недостаточно готовить только укрепления. Главная сила крепости заключалась в людях — солдатах, матросах, офицерах. Объезжая каждодневно позиции, беседуя с солдатами, он видел, что люди морально готовы к трудной борьбе, верят в себя, и эту веру ему необходимо в них поддержать.
22 августа 1904 года он отдает приказ по войскам сухопутной обороны:
«17 июля части войск 4-й и 7-й дивизий выдержали славный, но неравный бой с противником на передовых позициях. Нас было только 17 тысяч, а противник втрое сильнее — у него было 50 тысяч, мы имели только полевую артиллерию, противник же имел, кроме полевой, еще осадную.
Теперь с отходом к крепости положение наше изменилось неизмеримо к лучшему — силы наши более чем удвоились; противник же, ослабленный предыдущими боями, едва ли мог значительно усилиться. Вместо скороспелых окопов, как то было на передовых позициях, мы имеем здесь преимущество долговременных сооружений, обеспеченное со всех сторон от атаки; вместо тонких шрапнельных укрытий имеем во многих местах безопасные казематы и надежные блиндажи; кроме полевой артиллерии, имеем сильную крепостную артиллерию, увеличенную многочисленными орудиями флота. Поэтому если с передовых позиций мы еще могли податься к крепости, то теперь мы имеем полную возможность отразить и уничтожить врага. Никакой штурм нам не может быть страшным, если мы решимся до конца выполнить данную нами присягу. Во время ночного штурма ни при каком случае не надо теряться: если случится где-либо частный прорыв противника между укреплениями, то таковой ровно ничего не значит, так как соседние форты обеспечены от атаки со всех сторон; против же прорыва у нас имеются всегда сильные резервы, которые успеют вовремя опрокинуть врага и закрыть прорыв. Необходимо во что бы то ни стало держаться на своих местах до дневного света. С рассветом же наш страшный ружейный и пушечный огонь отгонит не только 50-тысячную, но хотя и 100-тысячную вражью силу, после чего войска крепости перейдут в наступление и добьют дерзкого врага».
Отдавая этот приказ, Роман Исидорович чувствовал, что японцы со дня на день начнут активные действия: время работало сейчас на — них. Только нерешительность барона Ноги все еще задерживала наступление.
Осадная армия генерал-лейтенанта Ноги, состоящая из трех дивизий, двух резервных пехотных бригад, одной артиллерийской, двух отрядов морской артиллерии и саперного батальона, обложила крепость с суши. Всего Ноги имел, не считая специальных войск, пятьдесят тысяч штыков и более 400 орудий, 200 из которых были осадными. Располагались войска в 6–8 верстах от русской оборонительной линии: справа — 1-я дивизия, в центре — 9-я и на левом фланге — 11-я. Учитывая опыт предыдущих боев, Ноги при наличии полностью укомплектованной, хорошо вооруженной армии все-таки не решался начать наступление и поджидал подкреплений, особенно в артиллерии. Неизвестно, сколь бы продолжалось это выжидание, если бы не полученный им категорический приказ командующего Маньчжурской армией. В нем маршал Ояма предлагал немедленно, не дожидаясь подкреплений, начинать штурм крепости, ибо длительная осада исключала возможность использования армии Ноги в предстоящем Ляоянском сражении.